Ο αρχαιολογικός χώρος του Δύστου εκτείνεται στην περιοχή του λόφου Καστρί, όπου δεσπόζει ακόμη το επιβλητικό τείχος της αρχαίας πόλης, που χρονολογείται στο α΄ μισό του 4ου αι. π.Χ. Ήταν κτισμένο στο μεγαλύτερο τμήμα του από μεγάλες και καλά εργασμένες λιθοπλίνθους και το πλάτος του έφθανε τα δύο μέτρα. Ενισχυόταν με ένδεκα πύργους, που διατάσσονται κατά διαστήματα περιμετρικά του λόφου. Στο ανατολικό σκέλος του τείχους δεσπόζει η μοναδική πύλη που πλαισιώνεται από δύο πύργους, χαρακτηριστικό δείγμα οχυρωματικής τεχνικής των κλασικών χρόνων. Η εξαιρετική τοιχοποιία των ισχυρών τειχών και της επιβλητικής ανατολικής πύλης ίσως να έσωσαν το Δύστο από τη μαρτυρούμενη στις πηγές πολιορκία. Ωστόσο η αναφορά στα Φιλιππικά του Θεόπομπου «... αποστήσας δε τοις εν αυτή τη περιοικίδι των Ερετριέων, εστράτευσεν επί πόλιν Δύστον», δεν μας επιτρέπει να ταυτίσουμε με βεβαιότητα το συγκεκριμένο πολεμικό επεισόδιο.

Στα βορειοδυτικά και νότια του λόφου διατηρούνται ερείπια των σπιτιών που ήταν κτισμένα από καλά δουλεμένες πέτρες και σύμφωνα με την τοιχοποιία τους χρονολογούνται στους αρχαϊκούς και κλασικούς χρόνους. Για την κατασκευή τους έχει χρησιμοποιηθεί τοπικό μάρμαρο, όπως πιστοποιούν ίχνη λατόμευσης που σώζονται κοντά στο τείχος του οικισμού. Τα περισσότερα σπίτια ήταν μονόχωρα, ενώ ορισμένα διέθεταν αυλή και στάβλο. Το καλύτερα διατηρημένο από αυτά, που ονομάζεται «Μεγάλη Οικία» και βρίσκεται στα ανατολικά του οικισμού, αποτελεί αξιόλογο δείγμα οικιστικής αρχιτεκτονικής του 4ου αι. π.Χ. Η πρόσβαση στον περιτειχισμένο οικισμό πρέπει να γινόταν από έναν κεντρικό δρόμο, που διέτρεχε το βόρειο και νότιο τμήμα του, ενώ μικρά δρομάκια οδηγούσαν στα σπίτια. Για την ύδρευση του οικισμού χρησιμοποιήθηκε μια μεγάλη δημόσια δεξαμενή, λαξευμένη στο νότιο τμήμα του οχυρωματικού τείχους.

Σημαντικό στοιχείο για τον καθορισμό των ορίων του Δύστου αποτελεί ο πρόσφατος εντοπισμός δύο ενεπίγραφων λίθινων όρων. Ο πρώτος, που χρονολογείται στο β΄ μισό του 5ου αι. π.Χ., εντοπίσθηκε στα ανατολικά όρια της λίμνης και νοτιοδυτικά της εκκλησίας του Αγίου Γεωργίου. Ένας δεύτερος όρος με την επιγραφή ΟΡΟΣ ΔΗΜΟ, του 4ου αι. π.Χ., βρέθηκε λαξευμένος σε φυσικό βράχο, στον περίβολο του διώροφου οικήματος στο λόφο των Κοντοσταυλέικων. Η επιγραφή αυτή αποτελεί την πρώτη άμεση μαρτυρία ότι ο Δύστος ήταν δήμος που υπαγόταν στην Ερετριακή επικράτεια. Η εύρεση αρχαίων εγκαταστάσεων, αρχιτεκτονικών μελών, τάφων και ενεπίγραφων επιτυμβίων στηλών στον κάμπο του Δύστου δείχνει ότι η κατοίκηση εκτεινόταν και σε αυτή την περιοχή.