Η παλαιοχριστιανική Αμφίπολις εντοπίζεται στο μέσον σχεδόν της αρχαίας Αμφίπολης και καταλαμβάνει μικρό τμήμα από την κορυφή του χαμηλού λόφου όπου τοποθετείται η ακρόπολη των κλασικών χρόνων. Ορίζεται από δικό της περίβολο. Ο περίβολος με συνολική περίμετρο 1105 μ. σχηματίζει ακανόνιστο ορθογώνιο με μια προέκταση στη βοριοανατολική γωνία. Η νότια πλευρά συμπίπτει με την πορεία του νοτίου σκέλους της αρχαίας ακρόπολης. Σώζεται σε ύψος που ποικίλει από 0,50 μ. έως 1,50 μ. και πλάτος που κυμαίνεται από 1,65 μ. έως 2,75 μ. Έχει δύο κύριες πύλες στον άξονα βορρά-νότου και τρεις πυλίδες. Ενισχύεται κατά διαστήματα με τετράπλευρους πύργους και έναν κυκλικό στη βοριοανατολική γωνία. Παρουσιάζει επιδιορθώσεις, συμπληρώσεις και ανακτήσεις σε διάφορες εποχές. Γενικά χρονολογείται στον 4ο -6ο αι. Στα τέλη του 6ου - αρχές 7ου αι. ένα εγκάρσιο τείχος από βορρά προς νότο με έναν πεντάπλευρο πύργο περιόρισε την πόλη κατά το 1/4.

Μέσα στην περιτειχισμένη έκταση ανασκάφησαν τέσσερες παλαιοχριστιανικές βασιλικές που συμβατικά έχουν ονομαστεί βασιλικές Α, Β, Γ, Δ, ένα περίκεντρο κτίριο, μια δεξαμενή και τμήματα οικιών.

Οι παλαιοχριστιανικές βασιλικές της Αμφίπολης είναι μικρά κτίσματα σε σχέση με αυτά των Φιλίππων και Θεσσαλονίκης. Ανήκουν στον τύπο της ξυλόστεγης βασιλικής, τύπος που επικράτησε στην παλαιοχριστιανική εποχή σε όλη τη μεσογειακή λεκάνη. Κοσμούνται όμως με εξαίρετα αρχιτεκτονικά γλυπτά και ψηφιδωτά δάπεδα.

Βασιλική Α: Είναι το πρώτο χριστιανικό κτίριο που εντοπίστηκε. Είναι τρίκλιτη με νάρθηκα, εξωνάρθηκα και αίθριο και διάφορα προσκτίσματα. Χωρίζεται σε τρία κλίτη με δύο κιονοστοιχίες από τις οποίες βρέθηκαν αρκετοί κίονες με τα κιόνοκρανά τους. Διατηρείται επίσης η βάση του άμβωνα με αντωπή κλίμακα και ο στυλοβάτης από το φράγμα του πρεσβυτερίου. Το δάπεδο του μεσαίου κλίτους και του νάρθηκα ήταν από μαρμάρινες πλάκες, ενώ στα πλάγια κλίτη και στον εξωνάρθηκα υπήρχαν ψηφιδωτά, από τα οποία διατηρούνται αυτά του νοτίου κλίτους, καθώς και αυτά του νάρθηκα. Η βασιλική χρονολογείται με βάση τον αρχιτεκτονικό διάκοσμο στα μέσα του 6ο αι. Το εγκάρσιο τείχος που διήλθε από πάνω της την αχρήστευσε.

Βασιλική Β: Βρίσκεται κοντά στη βοριοανατολική γωνία του οχυρωματικού περιβόλου. Εντοπίστηκε τη δεκαετία του 1940 από τον Δημήτριο Λαζαρίδη. Είναι τρίκλιτη με νάρθηκα και αίθριο. Στη βόρεια πλευρά του αιθρίου και του νάρθηκα αναπτύσσονται τέσερις βοηθητικοί χώροι. Το μεσαίο κλίτος έφερε μαρμάρινο δάπεδο, ενώ τα πλάγια κλίτη ψηφιδωτά από τα οποία ελάχιστα διατηρήθηκαν. Χρονολογείται στον 6ο αι.

Βασιλική Γ: Βρίσκεται στο δυτικό τμήμα της πόλης, λίγα μέτρα βοριοδυτικά της βασιλικής Α. Είναι τρίκλιτη με νάρθηκα και αίθριο, το οποίο είναι τοποθετημένο στη νότια πλευρά της αντί στη δυτική.΄Εφερε ψηφιδωτά δάπεδα με πλούσιο φυτικό και γεωμετρικό διάκοσμο σε όλους τους χώρους της. Στο χώρο του ιερού βήματος σώζεται μεταγενέστερο μονόχωρο ναϋδριο. Χρονολογείται στο δεύτερο μισό του 5ου αι. Η κατασκευή του μεταγενέστερου εγκάρσιου κλίτους την άφησε εκτός της τειχισμένης έκτασης.

Βασιλική Δ: Η τελευταία βασιλική στη σειρά αποκάλυψης, αλλά μάλλον η πρωιμότερη χρονολογικά (β΄μισό 5ου αι.). Είναι τρίκλιτη με νάρθηκα, αίθριο και διάφορα προσκτίσματα που αναπτύσσονται στη βόρεια και νότια πλευρά του. Στο εσωτερικό της σώζεται ο στυλοβάτης του φράγματος του πρεσβυτερίου και η βάση του άμβωνα. Το μεσαίο κλίτος είχε μαρμάρινο δάπεδο ενώ τα πλάγια πήλινες πλάκες. Από το αίθριο διατηρείται ο στυλοβάτης του περιστυλίου και κίονες που τοποθετήθηκαν στη θέση τους.

Ο περίκεντρος ναός αποτελεί σαν αρχιτεκτονική σύνθεση το επιβλητικότερο παλαιοχριστιανικό μνημείο της πόλης και είναι από τους λίγους περίκεντρους ναούς αυτής της περιόδου στον ελλαδικό χώρο. Πυρήνας του ναού είναι ένα κεντρικό εξάγωνο που περιβάλλεται από περιφερειακό διάδρομο οκταγωνικής κάτοψης. Στα ανατολικά εξέχει η πεντάπλευρη εξωτερικά κόγχη του ιερού βήματος που πλαισιώνεται από δυο ορθογωνίους χώρους. Ολόκληρος ο ναός κοσμείται με πλούσια μαρμαροθετήματα που σε μερικά σημεία διασώζονται σε πολύ καλή κατάσταση.