Ο αρχαιολογικός χώρος του Αγίου Παντελεήμονα Αμυνταίου στη θέση Μεταμόρφωση Σωτήρος είναι προς το παρόν μη επισκέψιμος. Ο παραλίμνιος οικισμός, που καλύπτει μια έκταση 30 περίπου στρεμμάτων, έχει τη μορφή ανοιχτής εγκατάστασης σε ομαλή κατωφέρεια. Αμέσως δυτικά του και στο ψηλότερο σημείο του βραχώδους εξάρματος είναι κτισμένο το παρεκκλήσι της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος, στο οποίο οφείλεται και το τοπωνύμιο της περιοχής ενώ στα βορειοδυτικά εφάπτεται εκτεταμένου πολίσματος και νεκροταφείου των ρωμαϊκών χρόνων.

Στην ανασκαφική τομή που πραγματοποιήθηκε στον οικισμό εντοπίστηκαν αρχιτεκτονικά λείψανα και ταφές της Νεότερης Νεολιθικής Περιόδου και επιχώσεις και σταθερές κατασκευές της Μέσης και της Αρχαιότερης Νεολιθικής Περιόδου, ενώ συνελέγη σημαντικός αριθμός κινητών ευρημάτων.

Η ανασκαφή στο χώρο αποκάλυψε σημαντικό αριθμό νεολιθικών τάφων, αρχιτεκτονικά λείψανα, μεγάλη ποσότητα κεραμικής, αρκετά πήλινα ειδώλια, λίθινα και οστέινα εργαλεία, σφονδύλια, άλλα μικροευρήματα και άφθονα οστά ζώων.