Η πρωιμότερη κατοίκηση στο χώρο της αρχαίας πόλης εντοπίζεται στην πρώιμη εποχή χαλκού στο λόφο Κουτσόμυλο, στον οποίο εγκαθίστανται αργότερα και οι άποικοι. Η ανασκαφική έρευνα αποκάλυψε στις παρυφές του λόφου οικοδομικά κατάλοιπα δημόσιου χαρακτήρα ( δρόμους, μνημειακό πόδιο κτηρίου, τμήματα κτηρίων) γεωμετρικών, αρχαϊκών και κλασικών χρόνων, ενώ σε μικρή απόσταση γύρω από αυτόν τμήματα σπιτιών και μαγαζιών του 4ου αι. π.Χ.. Στη χώρα της αρχαίας πόλης εντοπίσθηκε ιερό για τη λατρεία των νυμφών, του Διονύσου και του Άμμωνα Δία.

Τα σπίτια έχουν ορθογώνιες κατόψεις και χωρίζονται με κάθετους και οριζόντιους δρόμους. Αποτελούνται από μεγάλα ορθογώνια δωμάτια και μικρούς βοηθητικούς χώρους. Σε κάθε σπίτι υπάρχει λίθινη εστία, κάποτε ένας λουτήρας, άλλοτε υπόγειοι αποθηκευτικοί χώροι. Μελαμβαφή και άβαφα αγγεία, σκεύη συμποσίου, γουδιά και μυλόπετρες αποτελούν το νοικοκυριό του κάθε σπιτιού.

Έξω από τα όρια της αρχαίας πόλης, έχει εντοπισθεί το νεκροταφείο με ταφές που χρονολογούνται από τον 6ο έως τον 4ο αι. π.Χ. Τα ευρήματά των τάφων είναι κυρίως πήλινα αγγεία, χάλκινα σκεύη, ειδώλια και κοσμήματα.

Η κεραμική του οικισμού και του νεκροταφείου, εγχώρια αλλά και εισηγμένη από τα μεγάλα εργαστηριακά κέντρα της Ιωνίας, Κορίνθου, Αθήνας φανερώνει τις εμπορικές σχέσεις της Άφυτης με τον Αιγιακό κόσμο. Σημαντικό στοιχείο για την οικονομική ζωή της πόλης είναι η παρουσία σε λαβές αμφορέων μιας κυκλικής σφραγίδας που αποδεικνύει ότι στην Άφυτη υπήρχε στον 4ο αι. εγχώριο εργαστήριο παραγωγής αμφορέων.

Η κλασική πόλη της αρχαίας Αφύτιος καταστρέφεται από σεισμό προς το τέλος του 4ου αι. π.Χ. και έκτοτε τουλάχιστον ένα μεγάλο τμήμα του οικισμού δεν ξανακατοικείται. Ίσως στην εγκατάλειψη της πόλης μετά το σεισμό συνέβαλε και η ίδρυση της Κασσανδρείας το 316 π.Χ., η οποία συγκέντρωσε τον πληθυσμό από τις παλιές αυτόνομες πόλης της περιοχής.