Με την έκθεση "Ανακαλύπτοντας το παρελθόν" στην αίθουσα 11 ολοκληρώνεται η μόνιμη έκθεση του Μουσείου. Εδώ επιχειρείται να δοθεί η πορεία του αρχαιολογικού αντικειμένου από την ανασκαφή στο μουσείο και η διαδικασία που ακολουθείται σε αυτήν την πορεία. Ο επισκέπτης ενημερώνεται με πληροφοριακό υλικό για την ανασκαφική διαδικασία, προϊόν της οποίας είναι τα αρχαιολογικά ευρήματα, τα οποία στη συνέχεια αποτελούν το υλικό με το οποίο οργανώνονται οι εκθέσεις στα μουσεία.

Στην αίθουσα εκτίθεται ψηφιδωτό από παλαιοχριστιανικό σπίτι στην Πάνω πόλη της Θεσσαλονίκης, πλαισιωμένο με μία αφαιρετική ζωγραφική απεικόνιση της σύγχρονης πόλης. Στη συνέχεια με ηλεκτρονικά μέσα παρουσιάζεται η διαδικασία επιλογής και συντήρησης ενός αντικειμένου και η κατάληξή του ως μουσειακό έκθεμα. Η έκθεση ολοκληρώνεται με δύο σταθμούς πληροφόρησης, όπου ο επισκέπτης μπορεί να ξεναγηθεί ηλεκτρονικά στην ιστορία των μουσείων.

Η έκθεση συγχρηματοδοτήθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης, Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Πολιτισμός, 2000-2006) και από το Ελληνικό Δημόσιο (Υπουργείο Πολιτισμού).