ΙΣΟΓΕΙΟ
Αίθουσα 1: Η έκθεση αρχίζει με ένα γενικό χρονολογικό πίνακα και χάρτη με τις αρχαιολογικές θέσεις που παρουσιάζονται μέσα από τα εκθέματα. Ακολουθεί η παρο υσίαση της μινωικής εποχής με ευρήματα από τις ανασκαφές στα Νοπήγεια.
Αίθουσα 2: Παρουσιάζονται ευρήματα των γεωμετρικών χρόνων και δίνεται έμφαση στην ιστορική εξέλιξη των σημαντικότερων πόλεων-κρατών την δυτικής Κρήτης, την Πολυρρήνια και τη Φαλάσαρνα, πόλεις που άκμασαν στους ελληνιστικούς χρόνους.
Αίθουσα 3: Συνεχίζεται η παρουσίαση των ελληνιστικών χρόνων με κεραμικά ευρήματα από μη αυτόνομες πόλεις και οικισμούς της ευρύτερης περιοχής. Χαρακτηριστικά δείγματα της κεραμικής παραγωγής της δυτικής Κρήτης είναι οι μεγάλοι αμφορείς με μαύρο γάνωμα και επίθετα ανάγλυφα εμβλήματα κατασκευασμένα με μήτρα. Στην ίδια αίθουσα εκτίθενται ελληνιστικές επιγραφές και στη συνέχεια το μεγαλύτερο μέρος της συλλογής γλυπτών της περιοχής της Κισάμου, έργα κυρίως της ρωμαιοκρατίας.
Στο χώρο του ανελκυστήρα, κάτω από το κλιμακοστάσιο, διατηρείται στη θέση του μέρος της ανασκαφής ρωμαϊκού λουτρού, πάνω στο οποίο είχε ανοικοδομηθεί το Μουσείο κατά την Ενετοκρατία.

ΟΡΟΦΟΣ
Ολόκληρος ο όροφος είναι αφιερωμένος στην πόλη της Κισάμου και στα ευρήματα των πολυπληθών ανασκαφών της. Η έκθεση αρχίζει από το χώρο του κλιμακοστασίου όπου υπάρχει πληροφοριακό υλικό και στη συνέχεια παρουσιάζονται αντιπροσωπευτικά δείγματα τοιχογραφιών και ένα τραπεζοφόρο.
Αίθουσα 4: Η μεγαλύτερη αίθουσα του Μουσείου είναι αφιερωμένη στην παρουσίαση των αστικών επαύλεων της ελληνορωμαϊκής Κισάμου. Εδώ μπορεί να θαυμάσει κανείς ψηφιδωτά δάπεδα, ένα δείγμα opus sectile, ένα ηλιακό ρολόϊ, τραπεζοφόρα και γλυπτά.
Αίθουσα 5: Η έκθεση της αίθουσας εστιάζεται στην οικονομία της πόλης μέσα από τη νομισματική κυκλοφορία και τους κρυμμένους θησαυρούς αλλά και τις εμπορικές σχέσεις της με βάση τους αμφορείς, ντόπιους και εισαγόμενους, με ανάλογο εποπτικό υλικό.
Αίθουσα 6: Παρουσιάζεται η βιοτεχνική παραγωγή μέσα από τα ανασκαμμένα κεραμικά αλλά και μεταλλευτικά εργαστήρια και τα αντικείμενα της καθημερινής ζωής, κυρίως από ευτελή υλικά, πηλό, μέταλλο, οστό. Σε ειδική προθήκη επιχειρείται να δοθεί μία εικόνα της βιβλικής καταστροφής της πόλης από το σεισμό του 365 μ.Χ.
Αίθουσα 7: Παρουσιάζονται τα νεκροταφεία της πόλης, μέσα από τις μέχρι τώρα ανασκαφές. Εκτίθονται κτερίσματα από τάφους της πρώιμης περιόδου της Κισάμου (γυναικεία ταφή του 4ου αι. π.Χ.), της ρωμαιοκρατίας, όπου ανήκει το μεγαλύτερο μέρος των ταφικών ευρημάτων, καθώς και των παλαιοχριστιανικών χρόνων.