Η έκθεση έχει ως στόχο να δώσει στον επισκέπτη την εικόνα της γενικής μορφής και των επί μέρους στοιχείων που απαρτίζουν το ναό κατά τους πρώτους αιώνες του θριάμβου του χριστιανισμού, την παλαιοχριστιανική εποχή (4ος-7ος αι. μ.Χ.), και ιδιαίτερα κατά τον 5ο και 6ο αιώνα. Τα γενικά στοιχεία της μορφής του ναού παρουσιάζονται με κείμενα, σχέδια και φωτογραφίες. Κυρίαρχος τύπος είναι η βασιλική, ένας ορθογώνιος χώρος με κεραμοσκέπαστη στέγη, ο οποίος χωρίζεται με κιονοστοιχίες σε κλίτη και καταλήγει στην ανατολική πλευρά σε κόγχη. ’λλος συνηθισμένος τύπος ναού είναι ο περίκεντρος, που συναντάται σε διάφορες παραλλαγές, με μορφή κυκλική ή πολυγωνική.

Η έκθεση στεγάζεται στην πρώτη αίθουσα του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού και οργανώθηκε έτσι ώστε να δίνει πληροφορίες σε διάφορα επίπεδα. Το ορθογώνιο σχήμα της αίθουσας μοιάζει με αυτό της βασιλικής, έτσι, τα αντικείμενα έχουν εκτεθεί με τρόπο που παραπέμπει στην πραγματική τους θέση μέσα στο ναό. Οι βάσεις των κιόνων τοποθετούνται στο δάπεδο και τα κιονόκρανα ψηλά, με μεταλλικές κατασκευές. Ο άμβωνας είναι σε θέση παρόμοια με τη θέση του στο ναό, ενώ μπροστά στη μία στενή πλευρά της αίθουσας σχηματίζεται αφαιρετικά, με θωράκια και πεσσίσκους, το χαμηλό παλαιοχριστιανικό τέμπλο. Παράλληλα, τα ίδια αυτά αντικείμενα σε άλλο επίπεδο απαρτίζουν τυπολογικές ομάδες (γλυπτά, ψηφιδωτά, τοιχογραφίες κ.ά.). Επί πλέον, η ομαδοποίηση αντικειμένων που προέρχονται από συγκεκριμένα μνημεία (Αχειροποίητος Θεσσαλονίκης, ’γιος Δημήτριος Θεσσαλονίκης, Αγία Παρασκευή Κοζάνης, βασιλική οδού Γ΄ Σεπτεμβρίου Θεσσαλονίκης), συνδέει, ουσιαστικά, την έκθεση με τα ίδια τα μνημεία.