Στο νέο κτήριο του Αρχαιολογικού Μουσείου Μυτιλήνης εγκαινιάστηκε το Μάρτιο του 1999 η μόνιμη έκθεση με τίτλο "Η Λέσβος από την Ελληνιστική στη Ρωμαϊκή Εποχή", η οποία επικεντρώνεται σε μία από τις σημαντικότερες περιόδους ανάπτυξης της αρχαίας Λέσβου, δηλαδή από τον 4ο αι. π.Χ. έως τον 3ο αι. μ.Χ. Το σκεπτικό της έκθεσης είναι να προσεγγίσει ο επισκέπτης την καθημερινή πολιτική, οικονομική, κοινωνική και θρησκευτική ζωή του νησιού κατά τη συγκεκριμένη εποχή.

Για την πραγματοποίηση του στόχου αυτού εκτέθηκαν ψηφιδωτά δάπεδα, τοιχογραφίες και στρωματογραφημένα ευρήματα από τις πολυτελείς επαύλεις "του Μενάνδρου", "του Τήλεφου" και "του Ευρίπου". Επίσης παρουσιάστηκαν γλυπτά, όπως επιτύμβια και αναθηματικά ανάγλυφα (νεκρόδειπνα,"Θράκας Ιππέας", Διόσκουροι και Κυβέλη), πορτραίτα αγαπημένων προσώπων και επιφανών πολιτών, αγάλματα θεών, που αποτελούν αντίγραφα μεγάλων γνωστών έργων της κλασικής και ελληνιστικής περιόδου, φιλοσόφων και αξιωματούχων. Η πορεία των επισκεπτών είναι υποχρεωτική, έτσι ώστε να προσεγγίζουν κατά ομάδες και με χρονολογική σειρά τα θεματικά σύνολα.

Η φλοσοφία με την οποία οργανώθηκε η έκθεση των ρωμαϊκών οικιών ήταν να δημιουργηθεί στον επισκέπτη η αίσθηση ότι επισκέπτεται μιαν αρχαία έπαυλη το σούρουπο. Για το σκοπό αυτό επιχειρήθηκε η αναπαράσταση των οικιών. Τα ψηφιδωτά τοποθετήθηκαν ολόκληρα στη φυσική τους θέση, δηλαδή στο δάπεδο, και το λευκό περιθώριό τους καλύφθηκε με υάλινες πλάκες, που επιτρέπουν την ελεύθερη διακίνηση των επισκεπτών. Τοιχογραφίες, γιγαντοφωτογραφίες και ανακατασκευές των τοίχων που όριζαν τα αρχαία δωμάτια συμπληρώνουν την εντύπωση, σε συνδυασμό με τα κατάλληλα χρώματα στους τοίχους (σκούρο κεραμιδί και λευκό) και το σωστό φωτισμό.

Η δεύτερη θεματική ενότητα των γλυπτών παρουσιάστηκε με τρόπο νεωτεριστικό. Εκτός από τα αγάλματα φυσικού μεγέθους που τοποθετήθηκαν σε παραδοσιακές μαρμάρινες ορθογώνιες βάσεις, όλα τα υπόλοιπα γλυπτά στηρίχθηκαν σε μετάλλινα πλαίσια, που βιδώθηκαν σε δάπεδο από γκρίζα λαμαρίνα. Το μέταλλο σε συνδυασμό με το σκούρο μπλε σαξ των τοίχων, τα πανό που τοποθετήθηκαν πίσω από σημαντικά εκθέματα και τον υποβλητικό φωτισμό συνέβαλαν στην ανάδειξη των γλυπτών.

Η ενημέρωση των επισκεπτών συμπληρώνεται από επεξηγηματικά κείμενα στα ελληνικά και αγγλικά, σχέδια, χάρτες, προπλάσματα, φωτογραφίες με τις ανασκαφές και τα κυριότερα στάδια συντήρησης των εκθεμάτων και από τον οδηγό του Μουσείου. Επίσης πληροφορίες αντλούνται και από την οθόνη αφής που βρίσκεται στο χώρο υποδοχής του Μουσείου.