- Προϊστορική Θεσσαλονίκη
Η έκθεση στεγάζει ευρήματα από τους πρώιμους οικισμούς στην ενδοχώρα του Θερμαϊκού και αφορά στις ενότητες της Νεολιθικής Εποχής, της Εποχής του Χαλκού και της Εποχής του Σιδήρου (μέσα 6ης χιλιετίας - μέσα του 8ου π.Χ. αι.). Συγκεκριμένα, παρουσιάζονται εκθέματα από τους νεολιθικούς οικισμούς στη ΔΕΘ, στη Θέρμη, στα Βασιλικά και στη Σταυρούπολη, ενώ σε μικρές χωριστές ενότητες παρουσιάζονται η λιθοτεχνία και τα ειδώλια της Νεολιθικής εποχής. Ευρήματα από τους οικισμούς της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού στη Μεσημεριανή, τη Σίνδο, τη Γόνα, το Περιβολάκι, το Λεμπέτ, τα Κριτσανά, το Ντορμουσλί και το Μεσημέρι περιλαμβάνονται στη δεύτερη ενότητα. Τέλος, τα εκθέματα της τρίτης ενότητας προκύπτουν από τα ευρήματα τριών μεγάλων συστηματικών ανασκαφών, που πραγματοποιήθηκαν την τελευταία εικοσαετία στους οικισμούς που κατοικήθηκαν κυρίως κατά την Ύστερη Εποχή του Χαλκού (Τούμπα Θεσσαλονίκης, ’σσηρος, Καστανάς).

- Ναός Θέρμης
Εκτίθενται αρχιτεκτονικά μέλη υστεροαρχαϊκού ιωνικού ναού (κιονόκρανα, τμήματα από κίονες και βάσεις, κομμάτια από γείσα με ανάγλυφα κυμάτια) που βρέθηκαν διάσπαρτα μέσα στη Θεσσαλονίκη. Ο ναός αυτός συνήθως ονομάζεται «αρχαϊκός ναός της Θέρμης», επειδή συνδεέται με την αρχαία Θέρμη, την πόλη που υπήρχε στο μυχό του Θερμαϊκού κόλπου πριν από την ίδρυση της Θεσσαλονίκης.

- Έκθεση γλυπτών
Στις αίθουσες αυτές εκτίθενται γλυπτά αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής περιόδου, που προέρχονται από τη Θεσσαλονίκη και άλλες περιοχές της Μακεδονίας. Αριστουργηματικά γλυπτά φωτίζουν την εικόνα της βορειοελλαδικής πλαστικής, η οποία διαμορφώθηκε κάτω από ιωνική επίδραση. Η οργανωμένη κατά χρονολογική σειρά έκθεση περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, αρχαϊκά αγάλματα, αποσπασματικά ανάγλυφα, επιτάφια μνημεία, προτομές, επιτύμβιες στήλες και ρωμαϊκά αντίγραφα έργων του 5ου π.Χ. αι. της Θεσσαλονίκης. Επίσης, έργα του 4ου π.Χ. αι. αποτελούμενα από στήλες, αναθηματικά ανάγλυφα, γλυπτά από το ιερό της Δήμητρας και της Κόρης στην περιοχή της αρχαίας Λητής (Δερβένι Θεσσαλονίκης), και αγαλμάτια. Έργα των όψιμων ελληνιστικών και πρώιμων ρωμαϊκών χρόνων (2ος και 1ος π.Χ. αι.) βρίσκονται κυρίως στην αίθουσα 3, στην οποία εκτίθενται ανάγλυφες πλάκες επιτάφιου μνημείου από τη Λητή και ανάγλυφα από τη Βέροια, όπου η γλυπτική κατά τους ελληνιστικούς χρόνους γνωρίζει ιδιαίτερη άνθηση. Δείγματα εικονιστικής πλαστικής, καθώς και αριστουργήματα χαλκοπλαστικής της υστεροελληνιστικής Θεσσαλονίκης ολοκληρώνουν το σύνολο των εκθεμάτων.

- Έκθεση γλυπτών
Τα γλυπτά των αιθουσών αυτών αφορούν στη ρωμαϊκή εποχή και εκτείνονται χρονικά από τον 1ο αι. π.Χ. μέχρι και τον 5ο αι. μ.Χ. Η συλλογή ρωμαϊκής γλυπτικής του μουσείου είναι από τις πλουσιότερες στην Ελλάδα. Δίπλα στα πρωτότυπα έργα τέχνης εκτίθενται και ορισμένα ρωμαϊκά αντίγραφα σπουδαίων έργων τέχνης της κλασικής περιόδου. Πρόκειται για ευρήματα που προέρχονται από σωστικές ανασκαφές στη σύγχρονη πόλη και περιλαμβάνουν γλυπτά και τιμητικά, αναθηματικά και ταφικά ανάγλυφα. Δείγματα προπαγανδιστικών αυτοκρατορικών ανδριάντων, προσωπογραφία εικονιστικής γλυπτικής, επιτύμβια και αναθηματικά ανάγλυφα, προτομές και αττικές σαρκοφάγοι συνθέτουν, μεταξύ άλλων, ένα εντυπωσιακό σύνολο ρωμαϊκής γλυπτικής.

- Έκθεση Θεσσαλονίκης
Η αίθουσα οργανώνεται σε επτά υποενότητες, οι οποίες έχουν ως αφετηρία τη Θέρμη και συνεχίζουν με την ελληνιστική, υστεροελληνιστική και ρωμαϊκή Θεσσαλονίκη, τις λατρείες των θεών, το δημόσιο βίο, τα δημόσια κτήρια και την ιδιωτική κατοικία της ρωμαϊκής περιόδου. Παρουσιάζεται η ιστορία της πόλης από τα προϊστορικά χρόνια μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, όπως αυτή χωρίζεται σε μεγάλες χρονολογικές και θεματικές ενότητες. Εκτίθενται ευρήματα από προϊστορικές τούμπες (Καραμπουρνάκι), σπίτια και τάφους των αρχαϊκών και των κλασικών χρόνων, ενώ παρέχονται στοιχεία της πολεοδομικής οργάνωσης της πόλης κατά τους ελληνιστικούς χρόνους, με την παρουσίαση πέντε ανασκαμμένων μακεδονικών τάφων και ευρήματα κιβωτιόσχημων τάφων. Από τη ρωμαϊκή περίοδο αντιπροσωπευτικά είναι τα εκθέματα από την περιοχή των ιερών, της αγοράς, του γαλεριανού ανακτορικού συγκροτήματος και των εκτός των τειχών νεκροταφείων.

- Οι μακεδονικοί τάφοι
Δείγματα μακεδονικής ταφικής αρχιτεκτονικής του τέλους του 4ου αι. π.Χ. δίνουν πληροφορίες για την κατασκευή και διακόσμηση των τάφων. Δεσπόζουν η αναπαράσταση του μακεδονικού τάφου της Αγίας Παρασκευής Θεσσαλονίκης και ο μακεδονικός τάφος της Ποτείδαιας Χαλκιδικής, καθώς και ευρήματα από διπλανούς κιβωτιόσχημους τάφους. Στην πρώτη περίπτωση, πρόκειται για διθάλαμο καμαροσκέπαστο τάφο με δωρικό θριγκό και αέτωμα, ο οποίος βρέθηκε συλημένος. Από το μακεδονικό τάφο της Ποτείδαιας παρουσιάζονται οι μαρμάρινες κλίνες, η πώρινη θύρα και τα ολιγάριθμα αντικείμενα που άφησαν πίσω τους οι αρχαιοκάπηλοι.

- Σίνδος
Παρουσιάζονται ευρήματα από 121 τάφους των αρχαϊκών και των πρώιμων κλασικών χρόνων (6ος και 5ος αι. π.Χ.). Τα εκθέματα παρουσιάζονται κατά τάφους, αναδεικνύοντας τη ευμάρεια των κατοίκων της πόλης αυτής μέσα από χρυσά αντικείμενα (χρυσά βραχιόλια και σκουλαρίκια, σύνολα χρυσών κοσμημάτων, χρυσά προσωπεία, χρυσές ταινίες, δακτυλίδια αλλά και ευρήματα από ασήμι και σίδηρος). Τα ευρήματα της Σίνδου δίνουν επίσης ενδιαφέρουσες πληροφορίες για τα ταφικά έθιμα και τις μεταθανάτιες δοξασίες των κατοίκων της περιοχής, ενώ ταυτόχρονα δείχνουν δραστήριες εμπορικές σχέσεις με τη νότια Ελλάδα.

- Ο χρυσός των Μακεδόνων
Η χρήση του χρυσού στην κατασκευή κοσμημάτων, στη διακόσμηση και στη νομισματοκοπία καθώς και η τεχνολογία εξόρυξης και επεξεργασίας του στη αρχαία Μακεδονία εξετάζονται στις εισαγωγικές ενότητες, ενώ στο κεντρικό τμήμα της έκθεσης παρουσιάζονται χρυσά και επίχρυσα ευρήματα του 6ου - 2ου αι. π.Χ., από τις ανασκαφές στα νεκροταφεία της Μακεδονίας, και αναλύεται ο ρόλος τους στα ταφικά έθιμα. Χρυσά αντικείμενα όπως το στεφάνι κισσού από τη Σεβαστή, το διάδημα από το Σέδες και το βραχιόλι από την Ευρωπό πλαισιώνονται από άλλα προϊόντα της περίφημης μακεδονικής μεταλλοτεχνίας, ανάμεσά τους ο κρατήρας του Δερβενίου, και πολύτιμα αντικείμενα που προσφέρθηκαν ως νεκρικά δώρα σε μέλη της μακεδονικής αριστοκρατίας.

- Αίθουσα Μανόλης Αδρόνικος - Περιοδικές Εκθέσεις
Παρουσιάζεται η έκθεση «Τα νομίσματα της Μακεδονίας από τον 6ο αι. π.Χ. έως το 148 π.Χ.», όπου εκτίθενται αντιπροσωπευτικά δείγματα της νομισματικής παραγωγής στη Μακεδονία, από την πρώτη εμφάνιση του νομίσματος έως τη μετατροπή της σε ρωμαϊκή επαρχία.