Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Αίγινας βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Κολώνας. Είναι κτισμένο δίπλα στα ερείπια των διαδοχικών προϊστορικών οικισμών και την ακρόπολη των ιστορικών χρόνων. Τα εκθέματα προέρχονται κυρίως από τον αρχαιολογικό χώρο της Κολώνας.

Το κτήριο όπου στεγάζεται το μουσείο είναι ισόγειο, ισόπλευρο, πετρόκτιστο και κεραμοσκεπές με αίθριο στο κέντρο. Ξύλινη στοά περιτρέχει το αίθριο και τη μία εξωτερική πλευρά του κτίσματος.

Η σημερινή έκθεση καταλαμβάνει την απέναντι από την είσοδο του μουσείου πτέρυγα, που αποτελείται από τρεις αίθουσες. Η συλλογή καλύπτει την περίοδο από την προϊστορική εποχή έως τους ρωμαϊκούς χρόνους. Στην αριστερή γωνιακή αίθουσα υπάρχουν δύο προθήκες με κεραμική της προϊστορικής εποχής (νεολιθική-μυκηναϊκή εποχή). Μεγάλοι πίθοι της πρωτοελλαδικής και μεσοελλαδικής εποχής πλαισιώνουν της προθήκες. Στις δύο προθήκες της κεντρικής αίθουσας εκτίθεται κεραμική της γεωμετρικής και αρχαϊκής εποχής. Η ποικιλία των εισαγωγών της κεραμικής (Άργος, Ρόδος, Κόρινθος, Αττική) αποδεικνύει την έντονη εμπορική δραστηριότητα των Αιγινητών κατά τους ιστορικούς χρόνους, η οποία μαρτυρείται και στα αρχαία κείμενα. Στην ίδια αίθουσα αντιπροσωπεύεται και η αιγινήτικη πλαστική (7ος -5ος αι. π.Χ.) με σειρά γλυπτών.

Η Αίγινα υπήρξε έδρα μιας από τις πιο γνωστές σχολές πλαστικής κατά τους αρχαϊκούς χρόνους. Την εξέλιξή της εικονογραφούν τα γλυπτά των αετωμάτων των δύο αρχαϊκών ναών του Απόλλωνα, οι δύο σφίγγες του ιερού και μερικά ανάγλυφα (πρώιμη αναθηματική στήλη-υστεροαρχαϊκά ανάγλυφα). Σημαντικότατη είναι η επιγραφή που αναφέρεται στον αρχαιότερο ναό της Αφαίας. Στην δεξιά γωνιακή αίθουσα εκτίθενται σε δύο προθήκες θραύσματα των αετωμάτων της Αφαίας. Οι προθήκες πλαισιώνονται από ανάγλυφα, όρους ιερών και λίγα ελληνιστικά και ρωμαϊκά έργα. Στη στοά του αίθριου εκτίθεται ένα μέρος από την Καποδιστριακή συλλογή αναγλύφων (κυρίως από τη Ρήνεια) που αποτέλεσε το περιεχόμενο του πρώτου "Εθνικού Μουσείου" της Ελλάδος.