Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Αίγινας είναι το πρώτο "Εθνικό Μουσείο" της Ελλάδος και ιδρύθηκε στις 21 Οκτωβρίου 1829 από τον Ιωάννη Καποδίστρια. Ανάμεσα στα άλλα έργα του Ι. Καποδίστρια για την οργάνωση της νεοσύστατης ελληνικής πολιτείας ήταν και η ίδρυση ενός κεντρικού μουσείου. Σ'αυτό συγκεντρώθηκαν αρχαία από διάφορα σημεία της απελευθερωμένης Ελλάδας (τα περισσότερα από τη Ρήνεια - το νεκροταφείο της Δήλου). Πρώτος διευθυντής του ορίστηκε ο Κερκυραίος λόγιος Ανδρέας Μουστοξύδης.

Το μουσείο στεγάστηκε μαζί με άλλα πνευματικά ιδρύματα στο ορφανοτροφείο της Αίγινας, το οποίο απετέλεσε το πρώτο δημόσιο κτήριο που κτίστηκε στο νησί λίγο μετά την άφιξη τον Ιανουάριο του 1828 του Ι. Καποδίστρια. Το 1837 τα περισσότερα αρχαία μεταφέρθηκαν στην Αθήνα και στο Καποδιστριακό Ορφανοτροφείο παρέμειναν λιγοστά αρχαία από εκείνα που είχαν συγκεντρωθεί. Το τοπικό μουσείο ιδρύθηκε το 1898 και στεγάστηκε για αρκετά χρόνια στο Κυβερνείο. Το 1926 μεταφέρθηκε στο κεντρικό Σχολείο (Καποδιστριακό κτήριο), όπου παρέμεινε ως το 1981 (το κτήριο επλήγη από σεισμό).

Η συλλογή η οποία πλουτίστηκε με νέα ευρήματα, που προέρχονται από τις νεότερες ανασκαφές στο νησί, στεγάζεται έκτοτε στο κτήριο που κτίστηκε στον αρχαιολογικό χώρο της Κολώνας - με δωρεά του Βαυαρικού Συλλόγου των Φίλων του Μουσείου της Αίγινας.

Η σημερινή έκθεση είναι προσωρινή, καθόσον προβλέπεται η οριστική μεταφορά της συλλογής στο χώρο απ' όπου ξεκίνησε, στο Καποδιστριακό δηλαδή Ορφανοτροφείο, το οποίο επισκευάζεται και διαμορφώνεται, για να στεγάσει το "Διαχρονικό Μουσείο" της Αίγινας.