Στις συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνονται:

1.΄Εργα ξυλοτεχνίας -ξυλογλυπτικής(16ος-19ος αιώνας).

2. Τοιχογραφίες (12ος-13ος και 17ος-18ος αιώνας)

3. Μικρή γλυπτοθήκη ελληνιστικής παλαιοχριστιανικής, βυζαντινής και μεταβυζαντινής περιόδου.

4. Λειτουργικά σκεύη

5. Εικόνες 15ου-19ου αιώνα (κρητικής-κρητικοεπτανησιακής σχολής, επτανησιακό νατουραλισμό).

Το Μουσείο φιλοξενεί κατά καιρούς στις αίθουσές του περιοδικές εκθέσεις (συλλογές Πιερίδη και Φρυσίρα, τιμητική έκθεση Κώστα Μπάρμπα). Επίσης έχουν πραγματοποιηθεί πειραματικά εκπαιδευτικά προγράμματα - ξεναγήσεις για άτομα με ειδικές ανάγκες στο πλαίσιο του προγράμματος Horizon.