- Αίθουσα Α
Στην αίθουσα Α εκτίθενται αντιπροσωπευτικά δείγματα της μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής, Τα ξυλόγλυπτα τέμπλα του Παντοκράτορα (1683) και του Αγίου Δημητρίου του Κόλλα (1690), εντυπωσιάζουν και για την τέχνη, αλλά και για την αριστοτεχνική αναστήλωση και τοποθέτησή τους.

- Αίθουσα Β (Μικρή γλυπτοθήκη)
Στην αίθουσα Β εκτίθεται η μικρή γλυπτοθήκη του Μουσείου, με τμήματα ανάγλυφων αρχιτεκτονικών μελών βυζαντινής περιόδου, καθώς και δύο παλαιοχριστιανικές επιτύμβιες στήλες και ανάγλυφη πλάκα ελληνιστικής περιόδου.
Ανάγλυφες επιτάφιες πλάκες όψιμης μεταβυζαντινής περιόδου και οικόσημα εκτίθενται και στα δύο κλιμακοστάσια του Μουσείου.

- Αίθουσα Βα
Στην αίθουσα Βα φιλοξενούνται οι αποτοιχισμένες τοιχογραφίες από το καθολικό της μονής του Αγίου Ανδρέα στο Μεσοβούνι Βολιμών.
Οι τοιχογραφίες, λαϊκής τεχνοτροπίας, είναι έργο αγνώστου ζωγράφου του 17ου αιώνα. Στην ίδια αίθουσα παρουσιάζονται και λειτουργικά σκεύη.
Σε χωριστό τμήμα της αίθουσας Βα φιλοξενούνται αποτοιχισμένες τοιχογραφίες από το ναό του Σωτήρα στο κάστρο της Ζακύνθου και από το ναό του Αγίου Νικολάου Μεγαλομάτη στο βουνό Σκοπός, βυζαντινής περιόδου.

- Αίθουσα Γ
Στην αίθουσα Γ φιλοξενούνται αποτοιχισμένες τοιχογραφίες από τους μεταβυζαντινούς ναούς του Αγίου Γεωργίου των Καλογραιών, της Αγίας ’ννας -με παράσταση του αγίου Σπυρίδωνα που φέρει την υπογραφή του Νικολάου Καλλέργη και χρονολογία 1715-, της Παναγίας Πικριδιώτισσας και της Αγίας Αικατερίνης του Γρυπάρη.

- Αίθουσα Δ
Στην αίθουσα Δ εκτίθενται φορητές εικόνες της κρητικής τέχνης, από τα μέσα του 15ου έως τον 17ο αιώνα.
Μεταξύ των καλλιτεχνών, μεγάλοι εκπρόσωποι της Κρητικής Σχολής αντιπροσωπεύονται εδώ με έργα τους.
Ο ζωγράφος ’γγελος υπογράφει την εικόνα του Χριστού Ένθρονου (μέσα 15ου αι.), ενώ στον ίδιο αποδίδονται οι εικόνες της αγίας ’ννας με την Παναγία και το Χριστό και του Αρχαγγέλου Μιχαήλ.
Ο ζωγράφος Μιχαήλ Δαμασκηνός υπογράφει την εικόνα του αγίου Ιωάννη του Προδρόμου (β΄ μισό 16ου αι.), ενώ στον ίδιο αποδίδεται και η εικόνα του αγίου Σπυρίδωνος.
Στο ζωγράφο Εμμανουήλ Τζάνε ανήκει η ενυπόγραφη εικόνα “Θεοτόκος η Αμόλυντος”, έργο του 1641.

- Αίθουσα Ε
Στην αίθουσα Ε εκτίθενται φορητές εικόνες του τέλους του 17ου και 18ου αι., Kρητοεπτανησιακής τέχνης, έργα μαθητών των μεγάλων κρητικών ζωγράφων.
Ο ζωγράφος Νικόλαος Καλλέργης, μεταξύ άλλων, αντιπροσωπεύεται με έργα του, όπως ο άγιος Σπυρίδων ένθρονος (1706), ο άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος (α΄ τέταρτο 18ου αι.), ο Χριστός Μέγας Αρχιερεύς (1723), ο άγιος Χαράλαμπος (1728) και τα τρία βημόθυρα με παραστάσεις που σχετίζονται με το Θείο Πάθος (1732).

- Αίθουσα Ζ & Η
Στις δύο τελευταίες αίθουσες του ορόφου εκτίθενται αρκετά έργα των δύο ζακυνθινών ζωγράφων, Νικολάου Κουτούζη (1741-1813) και Νικολάου Καντούνη (1767-1834), που αφομοίωσαν εικονογραφικούς και μορφικούς τύπους του ιταλικού μπαρόκ και του μανιερισμού και δημιούργησαν τα τελευταία αξιόλογα έργα της θρησκευτικής, αλλά και της κοσμικής επτανησιακής ζωγραφικής, που από πολλούς μελετητές θεωρείται η αφετηρία της νεοελληνικής ζωγραφικής.