Το Μουσείο Βασίλειος Παπαντωνίου στεγάζεται σ' ένα νεοκλασικό κτίριο των αρχών του 20ου αιώνα. Αποτελείται από το ισόγειο και δυο ορόφους. Στο ισόγειο στεγάζεται η υποδοχή των επισκεπτών και το πωλητήριο του Μουσείου. Στο διάδρομο που οδηγεί στον 1ο όροφο, σε προθήκη, παρουσιάζονται ετερόκλητα μουσειακά αντικείμενα σε μια τολμηρή ελεύθερη εγκατάσταση για να τονιστεί η πολυμορφία των συλλογών του ΠΛΙ. Προθήκη που εισάγει στη γενικότερη συλλεκτική πολιτική του Ιδρύματος. Στη δεύτερη προθήκη παρουσιάζεται η Δωρεά του Θεόδωρου Μίντζα, με κασελάκια αργυροχρυσοχόων του 19ου αιώνα. Σε μια άλλη προθήκη παρουσιάζεται τμήμα της συλλογής SINGER και ένα αφιέρωμα στην Α.Ε. ΚΟΝΣΕΡΒΩΝ ''ΚΥΚΝΟΣ".

Η είσοδος του Μουσείου είναι διακοσμημένη με έργα του γνωστού καλλιτέχνη Φαίδωνα Πατρικαλάκη. Στο 1ο και 2ο όροφο του Μουσείου παρουσιάζεται η μόνιμη έκθεση. Στο μέσον της μεγάλης αίθουσας είναι τοποθετημένοι αργαλειοί, κασέλες κ.ά. Στο τέλος του ορόφου βρίσκεται το καφενείο του Μουσείου, όπου προσφέρεται δωρεάν καφές ή χυμός. Το καφενείο είναι διακοσμημένο με έργα του γνωστού καλλιτέχνη Φαίδωνα Πατρικαλάκη. Στο 2ο όροφο συνεχίζεται η έκθεση, με φορεσιές, όπλα. φιλελληνικά αντικείμενα κλπ. από διάφορες περιοχές.