Στο Μουσείο εκτίθενται περίπου τα μισά όργανα της συλλογής Ανωγειανάκη, με κριτήριο όχι μόνο την αισθητική και τη διακόσμησή τους αλλά κυρίως το εθνολογικό και το μουσικολογικό τους ενδιαφέρον. Τα υπόλοιπα βρίσκονται στη διάθεση των ερευνητών και θα αποτελέσουν υλικό για κινητές εκθέσεις στην επαρχία, σε σχολεία ή για περιοδικές εκθέσεις ειδικού ενδιαφέροντος.

Η έκθεση απλώνεται σε τρεις ορόφους και περιλαμβάνει τέσσερα επίπεδα, όσες και οι οικογένειες μουσικών οργάνων που διακρίνει η εθνομουσικολογία, με κριτήριο το υλικό που πάλεται για να δώσει τον ήχο:

α) μεμβρανόφωνα

β) αερόφωνα

γ) χορδόφωνα

δ) ιδιόφωνα

Η παρουσίαση γίνεται κατά οργανολογικούς τύπους, με δίγλωσσες (ελληνικά-αγγλικά) επεξηγήσεις. Σε κάθε βιτρίνα ειδικό σύστημα ακουστικών με μουσικά παραδείγματα παρουσιάζει τον ήχο, την μουσική έκταση, τις τεχνικές παιξίματος και τους συνδυασμούς των μουσικών οργάνων που εκτίθενται σ' αυτήν.

Παράλληλα, γίνεται προσπάθεια να τοποθετηθούν τα όργανα σε τόπο και χρόνο και να συνδεθούν με τους κατασκευαστές και τους μουσικούς που τα χρησιμοποιούν, μέσα από φωτογραφικό υλικό, προβολές διαφανειών και βίντεο που παρουσιάζουν έθιμα και τελετουργίες όπου κυριαρχεί το τρίπτυχο λόγος - μουσική - χορός.

Οι στόχοι του ΜΕΛΜΟΦΑΚΕ, όπως αναφέρονται στον ιδρυτικό του νόμο, είναι οι εξής:

1. Η συλλογή, συντήρηση και έκθεση λαϊκών μουσικών οργάνων και γενικά κάθε υλικού χρήσιμου για την έρευνα, μελέτη και προώθηση της ελληνικής λαϊκής μουσικής παράδοσης,

2. Η προώθηση της έρευνας και μελέτης σε θέματα εθνομουσικολογίας καθώς και τεκμηρίωσης και διάδοσης της παραδοσιακής μουσικής,

3. Η διάσωση, μελέτη, προβολή και διάδοση της ελληνικής λαϊκής και βυζαντινής μουσικής παράδοσης, τόσο στον ελληνικό όσο και στον διεθνή χώρο με κάθε πρόσφορο μέσον,

4. Η δημιουργία ειδικής εθνομουσικολογικής βιβλιοθήκης και απτικοακουστικού αρχείου,

Το ΜΕΛΜΟΦΑΚΕ διοργανώνει επίσης μαθήματα παραδοσιακής μουσικής και εκπαιδευτικά προγράμματα για παιδιά.