Το Κοργιαλένειο Ιστορικό και Λαογραφικό Μουσείο Αργοστολίου διατρέχει ολόκληρη την ιστορία της Κεφαλονιάς, από την εποχή της Ενετικής κατάκτησης (γύρω στο 1500 μ.Χ.) μέχρι την καταστροφή του πολιτισμού του νησιού από τους σεισμούς του 1953, από τη σκοπιά της καθημερινής ζωής των ανθρώπων, στην οποία παρεμβάλλονται και ασκούν δυναμική επίδραση οι ιστορικές εξελίξεις (διαδοχικές ξένες κατακτήσεις, Ένωση με την Ελλάδα, πόλεμοι, σεισμοί κλπ.). Στόχος του Μουσείου δεν είναι απλά η διαφύλαξη της ιστορικής μνήμης για έναν οριστικά χαμένο υλικό κόσμο, αλλά η ανάδειξη της ζώσας και εξελισσόμενης πολιτιστικής ιδιαιτερότητας του τόπου, που έχει σαν αφετηρία την πλούσια πολιτιστική του κληρονομιά, σε συνδυασμό με την προαγωγή της επιστημονικής ιστορικής έρευνας.

Το Κοργιαλένειο Ιστορικό και Λαογραφικό Μουσείο μελετά και προβάλλει την αστική και αγροτική ζωή σ' όλες τις εκφάνσεις τους (ενδυμασία, οικιακή οικονομία, οικογενειακή και κοινωνική ζωή, λαϊκή τέχνη, αναψυχή κλπ.), αλλά και την εκκλησιαστική τέχνη και λατρευτική ζωή των Κεφαλονιτών. Τέλος, αναφέρεται στην προσεισμική αρχιτεκτονική και πολεοδομία, τις καταστροφές του σεισμού του 1953 και την ανοικοδόμηση, ενώ αποδίδει φόρο τιμής σε επιφανείς προσωπικότητες, Κεφαλονίτες και μη, που σφράγισαν με τη δράση τους την τοπική ιστορία.

Το Μουσείο στεγάζεται στον ισόγειο χώρο του διατηρητέου μετασεισμικού κτιρίου της Κοργιαλενείου Βιβλιοθήκης Αργοστολίου. Δύο από τις εκθέσεις του φιλοξενούνται στον ισόγειο χώρο της Νέας Πτέρυγας του κτιρίου. Μαζί με την Κοργιαλένειο Βιβλιοθήκη και τα συστεγαζόμενα αρχειοστάσια των ΓΑΚ-Αρχείων Νομού Κεφαλονιάς που φιλοξενούνται στο ίδιο κτίριο αποτελούν ένα σημαντικό πόλο επιστημονικής και πνευματικής δραστηριότητας με διεθνή εμβέλεια.

Η μόνιμη έκθεση του Μουσείου είναι χωρισμένη σε θεματικές ενότητες (αστικό τμήμα, αγροτικό τμήμα, εκκλησιαστική τέχνη και Σχέδιο Πόλεως Αργοστολίου) σε μια προσπάθεια να αναδειχθεί ολόπλευρα το τοπικό πολιτισμικό στίγμα. Η φιλοσοφία οργάνωσης της μόνιμης έκθεσης είναι ο επισκέπτης να αισθάνεται ότι εισέρχεται όχι σε έναν εκθεσιακό χώρο, αλλά σε ένα περιβάλλον ζεστό, οικογενειακό, ώστε η εμπειρία του εκτός από αισθητική να είναι και βιωματική - η μετάβαση ανάμεσα στα διάφορα τμήματα γίνεται με τρόπο, ώστε να είναι διαρκώς παρούσα η αίσθηση της ενότητας, της αλληλουχίας ανάμεσα στα συνθετικά μέρη του χαμένου αυτού κόσμου. Οι δύο εκθέσεις που φιλοξενούνται χωριστά (Συλλογή Βυζαντινών Εικόνων Σπ. Χαροκόπου και Συλλογή Φραγκίσκου και Στεφάνου Βαλλιάνου) έχουν οργανωθεί αυτόνομα, (ιδίως η δεύτερη) με την ίδια φιλοσοφία.

Το Κοργιαλένειο Μουσείο διοικείται από το Κοργιαλένειο Δημοτικό Συμβούλιο (μαζί με την Κοργιαλένειο Βιβλιοθήκη). Εποπτεύεται από το Υπουργείο Πολιτισμού, Διεύθυνση Λαϊκού Πολιτισμού και επιχορηγείται τακτικά από το Υπουργείο Πολιτισμού.