Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων ιδρύθηκε το 1899.

Αρχικά στεγάστηκε σε δυο δωμάτια του Δικαστικού Μεγάρου. Μετά την καταστροφική για τις αρχαιότητες πυρκαγιά του 1934 φιλοξενήθηκε στα υπόγεια του 1ου Γυμνασίου Χανίων, όπου παρέμεινε μέχρι την επίταξή του από τους Γερμανούς κατακτητές το 1941.

Λίγο αργότερα μεταστεγάστηκε στο τέμενος του Κιουτσούκ Χασάν, στο ενετικό λιμάνι. Το 1962 εγκαινιάστηκε η έκθεση στο καθολικό της Μονής του Αγίου Φραγκίσκου. Την περίοδο 1977-1981 έγιναν εκτεταμένες εργασίες αποκατάστασης του ναού εσωτερικά, ενώ το 2000 εγκαταστάθηκε σ’ αυτό η πλούσια Συλλογή Κ., Μ. και Κ. Μητσοτάκη.

Το 2013 ξεκίνησαν οι εργασίες κατασκευής του νέου αρχαιολογικού μουσείου στην ιστορική συνοικία Χαλέπα, που ολοκληρώθηκαν το 2015 με χρηματοδότηση από το Ε. Π. «Ανταγωνιστικότητα και Επιχειρηματικότητα» του ΕΣΠΑ 2007-2013. Το 2020 κλείνει το Μουσείο στον Αγ. Φραγκίσκο και το 2022 εγκαινιάζεται η μόνιμη έκθεση του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Χανίων, με χρηματοδότηση από το Ε.Π. «Κρήτη 2014- 2020».