O θεμέλιος λίθος του κτηρίου, που σήμερα στεγάζει το Αρχαιολογικό Μουσείο της Σαλαμίνας τέθηκε το 1826 και η κατασκευή του ολοκληρώθηκε την περίοδο 1829-1831, επί Καποδίστρια. Ήταν το πρώτο από τα δέκα «αλληλοδιδακτικά σχολεία» της Ελλάδας, γι’αυτό και η διαμόρφωση του κτηρίου υπάκουε στις προδιαγραφές της αλληλοδιδακτικής μεθόδου: μια μεγάλη επιμήκης ορθογώνια αίθουσα με ανοίγματα (πόρτες και παράθυρα) στις μακριές πλευρές της. Μαζί με την απέναντί της υπερυψωμένη αίθουσα και την τετράγωνη εσωτερική αυλή αποτελούσαν το σχολικό συγκρότημα. Σ’αυτό το χώρο στεγάστηκε το 1ο Δημοτικό Σχολείο της πόλης έως το1981, οπότε και υπέστη σοβαρές ζημιές από σεισμό και κρίθηκε ακατάλληλο.

Το 1996, ύστερα από ενέργειες της τότε Β΄ΕΠΚΑ και με τη σύμφωνη γνώμη του Δήμου της Σαλαμίνας, παραχωρήθηκε στο ΥΠΠΟ. Η αρμόδια Δ/νση Μελετών Έργων Μουσείων ανέλαβε την επισκευή και μετατροπή του σε σύγχρονο Μουσείο.

Το 2005 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες και από το 2006 άρχισε η προετοιμασία της έκθεσης. Από τον Ιούνιο του 2010 έχει ανοίξει τις πόρτες του στο κοινό.

Τα ευρήματα από τις πρώτες ανασκαφές στο νησί κατά το 19ο αι. φιλοξενήθηκαν στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Τα τυχαία ευρήματα , οι παραδόσεις καθώς και τα αντικείμενα που είχε περισυλλέξει και καταγράψει από όλο το νησί ο βυζαντινολόγος Δημήτρης Πάλλας, συγκεντρώνονταν στο πρώτο Δημαρχείο της πόλης, επί της Λεωφόρου Φανερωμένης. Από το 1960 και μετά, πολλά σημαντικά ευρήματα από τη Σαλαμίνα μεταφέρονταν και στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Πειραιά, όπου μέχρι σήμερα εκτίθενται.

Το 1964 το κτήριο του Δημαρχείου κρίθηκε ακατάλληλο και έτσι τα αρχαία μεταφέρθηκαν στην αίθουσα του Εξωραϊστικού Συλλόγου Σαλαμίνας «Ο Ευριπίδης». Το 1963, ο Δήμος της Σαλαμίνας δώρησε οικόπεδο στο Ελληνικό Δημόσιο, δίπλα στην εκκλησία του Αγ. Νικολάου, όπου, το 1967, κατασκευάστηκε μικρό κτήριο, το οποίο και λειτούργησε ως Αρχαιολογικό Μουσείο για τα ευρήματα του νησιού. Εκεί μεταφέρθηκε το σύνολο των αντικειμένων που φιλοξενούνταν στον Εξωραϊστικό Σύλλογο, όπως και μεγάλο μέρος των ευρημάτων που φυλάσσονταν στις Αποθήκες του Εθνικού Αρχ/κού Μουσείου. Ένας χάρτης με τις αρχαιολογικές θέσεις του νησιού, έργο του ζωγράφου της Β΄ΕΠΚΑ Κώστα Ηλιάκη, κοσμούσε το Μουσείο και ενημέρωνε τον επισκέπτη.

Όμως, το μικρό αυτό κτήριο δεν πληρούσε τις προϋποθέσεις ασφάλειας και προστασίας των αντικειμένων και, το 1977, ο τότε Έφορος της αρμόδιας Β΄ΕΠΚΑ Βασίλης Πετράκος , μετέφερε τις προθήκες με τα αγγεία στον Πειραιά, όπου και φυλάσσονταν έκτοτε τα σημαντικότερα ευρήματα. Τα λίθινα αντικείμενα παρέμειναν στην Αποθήκη του Αγ. Νικολάου, όπου σήμερα λειτουργεί και εργαστήριο συντήρησής τους.