Στην Αίθουσα Α΄, αριστερά της εισόδου, εκτίθενται σε τρείς προθήκες, ευρήματα από τις προϊστορικές θέσεις του νησιού, από τη Νεώτερη και Τελική Νεολιθική φάση κατοίκησης του Σπηλαίου των Περιστεριών έως και την Υπομυκηναϊκή εποχή, στην οποία χρονολογείται το εκτεταμένο νεκροταφείο, που ανασκάφηκε στα μέσα του 19ου αι. στην περιοχή του Ναυστάθμου.

Στην περίοπτη προθήκη 1, φιλοξενούνται τα ευρήματα της συστηματικής ανασκαφής του Παν/μίου Ιωαννίνων από το Σπήλαιο των Περιστεριών. Το γνωστό από τις πηγές Σπήλαιο έχει ταυτιστεί με βεβαιότητα ως το ησυχαστήριο και τόπος έμπνευσης του μεγάλου τραγωδού Ευριπίδη, μετά την αποκάλυψη και του Ιερού των Ελληνιστικών χρόνων πλησίον της εισόδου του. Το Ιερό αυτό ήταν αφιερωμένο στο θεό του θεάτρου Διόνυσο. Εδώ λοιπόν, εκτίθενται, ως αναπόσπαστο σύνολο, τα αφιερώματα τόσο του Ιερού του Διονύσου όσο και τα ευρήματα της μακραίωνης κατοίκησης του Σπηλαίου.

Ανάμεσα σε αυτά ξεχωρίζουν, το μαρμάρινο ειδώλιο γυναικείας μορφής της Τελικής Νεολιθικής εποχής, που προαναγγέλλει τα κυκλαδίτικα ειδώλια, το τμήμα του αγγείου (σκύφου) που φέρει χαραγμένα, ανάστροφα, τα πρώτα γράμματα του ονόματος του Ευριπίδη (ΕΥΡΙΠΠ) και τα χαρακτηριστικά αντικείμενα- αφιερώματα του Ιερού του Διονύσου: οι δύο φαλλοί και το χέρι μαρμάρινου αγαλματίου που κρατά κάνθαρο, το αγγείο πόσεως του οίνου.

Στην Προθήκη 2, πρώτη εξ αριστερών, εκτίθενται ευρήματα από την ανασκαφή του Παν/μίου των Ιωαννίνων στα Κανάκια. Πρόκειται για κεραμική, ειδώλια, χάλκινα και λίθινα εργαλεία και αντικείμενα από την καθημερινή ζωή στο ανακτορικό συγκρότημα της Ακρόπολης των Κανακίων, που χρονολογείται στα Μυκηναϊκά χρόνια. Η περίοδος ακμής του διήρκησε όλο τον 13ο αι. π.Χ. και εγκαταλείφθηκε λίγο μετά το 1200 π.Χ. Ιδιαίτερο έκθεμα αποτελεί το χάλκινο έλασμα φολιδωτής, Ανατολικού τύπου πανοπλίας, με την έκτυπη δέλτο του Φαραώ Ραμσή Β΄.

Στην τελευταία Προθήκη 3 αυτής της αίθουσας εκτίθενται ταφικά ευρήματα από τα Πρωτοελλαδικά έως και τα Υπομυκηναϊκά χρόνια, με έμφαση στη μεγάλη ακμή της Μυκηναϊκής εποχής (14ος-13ος αι. π.Χ.). Προέρχονται κυρίως από το εκτεταμένο νεκροταφείο θαλαμοειδών τάφων, που έχει ανασκαφεί κατά καιρούς στο κέντρο της πόλης της Σαλαμίνας, και ανήκει σε οικισμό ο οποίος αποκαλύπτεται σταδιακά και από ταφές της ίδιας εποχής που έχουν έρθει στο φώς, στις περιοχές του Χαλιώτη και Σεληνίων. Στα δεξιά αυτής της προθήκης, βλέπει κανείς αντικείμενα από το σημαντικό νεκροταφείο των Yπομυκηναϊκών χρόνων (12ος-11ος π.Χ) που ανασκάφηκε στα μέσα περίπου του 19ου αι., στο χώρο όπου σήμερα βρίσκεται ο Ναυστάθμος, και έγινε παγκόσμια γνωστό ως «η Νεκρόπολη της Σαλαμίνας».

Στην Αίθουσα Β΄ παρουσιάζονται, σε πέντε προθήκες και με χρονολογική σειρά, ευρήματα των Ιστορικών χρόνων από ταφικά και οικιστικά σύνολα σημαντικών αρχαιολογικών θέσεων του νησιού.

Στην Προθήκη 4 εκτίθενται αντικείμενα από τάφους που καλύπτουν σχεδόν όλη τη διάρκεια της Γεωμετρικής εποχής, από τα μέσα του 11ου αι. π. Χ. έως και τα μέσα περίπου του 8ου αι. π. Χ. Προέρχονται ως επί το πλείστον από ένα οργανωμένο νεκροταφείο της εποχής αυτής που αποκαλύφθηκε στο Τσάμη της Σαλαμίνας,αλλά και από σποραδικές ταφές σε άλλες συνοικίες της πόλης, στο Μαρούδι και στα Αμπελάκια.

Στις Προθήκες 5 και 6 εκτίθενται ευρήματα Αρχαϊκών και Κλασικών χρόνων από το νεκροταφείο και τον οικισμό των Αμπελακίων, καθώς και από το νεκροταφείο που ερευνήθηκε σε σωστική ανασκαφή στον Τύμβο των Σαλαμινομάχων.

Στην Προθήκη 5, η συλλογή των αντικειμένων της Αρχαϊκής εποχής συμπίπτει με την ίδρυση του οικισμού των Ιστορικών χρόνων του νησιού, στα τέλη περίπου του 6ου αι. π.Χ. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν, ο αρύβαλλος κορινθιακού τύπου με την παράσταση των δύο αντωπών σφιγγών και το τμήμα από το μεγάλο χάλκινο αγγείο, που στο χείλος του φέρει επιγραφή με το όνομα του κατασκευαστή του και την πληροφορία «εποί {ησεν}»,τα αγγεία των Κλασικών χρόνων και η συλλογή των λευκών ληκύθων με τις χαρακτηριστικές παραστάσεις επίσκεψης των συγγενών στους τάφους. Πρόκειται για κτερίσματα των πλούσιων τάφων του ακμαίου αυτού οικισμού και αξίζουν ιδιαίτερης μνείας.

Η συλλογή των αγγείων των Κλασικών χρόνων από το νεκροταφείο των Αμπελακίων συνεχίζεται και στην Α΄ όψη της Προθήκης 6, όπου ο εντυπωσιακός ερυθρόμορφος κρατήρας με τη σκηνή συμποσίου κατέχει ιδιαίτερη θέση. Στη Β΄όψη της ίδιας προθήκης εκτίθενται τα ευρήματα του νεκροταφείου, που αποκαλύφθηκε στην Ανατολική πλευρά του Τύμβου των Σαλαμινομάχων, και χρονολογείται από τις αρχές του 5ου έως και τα μέσα του 4ου αι. π.Χ. Αποτελούν μαρτυρία ότι ο Τύμβος χρησιμοποιείτο ως χώρος ταφής και κατά τα χρόνια που ακολούθησαν τη Ναυμαχία.

Στην Προθήκη 7 βλέπει κανείς μια συλλογή χάλκινων αντικειμένων, που αποτελούσαν κτερίσματα κυρίως γυναικείων ταφών, όπως κάτοπτρα και καλλωπιστικά εργαλεία, μία συλλογή αλαβάστρινων αγγείων από τάφους των Αμπελακίων και λίγα ευρήματα από το ταφικό μνημείο στις Κολώνες. Σημαντική θέση κατέχουν εδώ οι αναθηματικοί ναΐσκοι της Κυβέλης, αφιερώματα στη Μητέρα Θεά και το ανάγλυφο με την παράσταση Συμποσίου, αφιέρωμα της Ευφράντης σε άγνωστο ήρωα, σύμφωνα με την επιγραφή του.

Στην Προθήκη 8 υπάρχουν ευρήματα των Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων, που προέρχονται από το νεκροταφείο και τον οικισμό των Αμπελακίων και την πόλη της Σαλαμίνας, καθώς και ευρήματα των Πρωτοχριστιανικών και Βυζαντινών χρόνων από τον Πολεμικό Ναύσταθμο, τον Αγ. Ανδρέα, τα Βασιλικά και το Αιάντειο. Ξεχωριστή θέση κατέχουν εδώ τα ευρήματα γυναικείας ταφής των Ελληνιστικών χρόνων από τα Αμπελάκια: ένα επίχρυσο στεφάνι και χάλκινο πτυκτό κάτοπτρο με ανάγλυφη παράσταση Αφροδίτης και Έρωτα.

Μια σημαντική συλλογή από επιτύμβια και λίγα αναθηματικά ανάγλυφα, κυρίως του 4ου αι. π.Χ., πλαισιώνει τις προθήκες της Αίθουσας Β΄ και στολίζει το μικρό αίθριο χώρο του Μουσείου. Οι ανάγλυφες στήλες με τα ονόματα και τα δημοτικά των νεκρών μάς δίνουν σημαντικές πληροφορίες για τη σύνθεση του πληθυσμού του νησιού, ενώ οι παραστάσεις τους εκφράζουν τόσο τα συναισθήματα θλίψης για τον οριστικό αποχωρισμό από τους αγαπημένους, όσο και την πεποίθηση για τη διαιώνιση της μνήμης των νεκρών.

Η έκθεση στην Αίθουσα Γ΄ έχει τίτλο: « Η πόλη της Σαλαμίνας: από το μύθο στην Ιστορία». Στο πρώτο σκέλος, η ζωή και ο θάνατος του Αίαντα, του ήρωα του Ομηρικού έπουςμυθικού ηγεμόνα του νησιού, αποτυπώνεται σε μεγάλες αφηγηματικές πινακίδες, εμπλουτισμένες με αναπαραστάσεις του από διάσημα αγγεία. Στο δεύτερο σκέλος, οι πινακίδες αφηγούνται το κορυφαίο ιστορικό γεγονός, τη Ναυμαχία της Σαλαμίνας, που έκανε παγκόσμια γνωστό το νησί ήδη από την αρχαιότητα και ταύτισε το όνομά του με την έννοια του ανέλπιστου θριάμβου.

Η έκθεση στην αίθουσα αυτή εμπλουτίζεται με τεκμήρια για τη διοικητική οργάνωση της πόλης των Ιστορικών χρόνων: ψηφισματικά ανάγλυφα με τα ονόματα των επώνυμων αρχόντων του νησιού, και τέσσερα ψηφίσματα που μαρτυρούν την ύπαρξη και στη Σαλαμίνα, κατ’ αναλογία με τον Πειραιά, Ιερού της θρακικής θεάς Βενδίδος. Εδώ, επίσης, θα δει κανείς και αντίγραφο του Μετρολογικού Αναγλύφου, το πρωτότυπο του οποίου εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Πειραιά. Τέλος, μια μικρή προθήκη φιλοξενεί τα εκάστοτε σημαντικά νέα ευρήματα από τις πιο πρόσφατες ανασκαφές στο νησί.