Το Ιστορικό-Λαογραφικό & Φυσικής Ιστορίας Μουσείο Κοζάνης ιδρύθηκε κατά το έτος 1969 και εγκαινιάσθηκε επίσημα στις 10 Οκτωβρίου 1987. Το Μουσείο είναι δημιούργημα του Συνδέσμου Γραμμάτων και Τεχνών Ν. Κοζάνης. Ο Σύνδεσμος ιδρύθηκε στις αρχές του 1968 στην Κοζάνη ως Ν.Π.Ι.Δ, με βασικό σκοπό: «Την περισυλλογή, καταγραφή διατήρηση μελέτη και δημοσίευση γλωσσικού, ιστορικού, αρχαιολογικού και λαογραφικού υλικού και τη διάσωση των μνημείων και στοιχείων της πολιτισμικής μας κληρονομιάς» και παράλληλα «την περισυλλογή κάθε στοιχείου που μαρτυρεί την εδαφολογική σύσταση του Νομού Κοζάνης και τη σταδιακή εξέλιξη του φυτικού και ζωικού κόσμου».

Η πρώτη Ιστορική-λαογραφική συλλογή ιδρύθηκε κατά τα τέλη του 1968 με αρχές του 1969 και εγκαταστάθηκε περιοδικά σε διάφορα μισθωμένα μικρά καταστήματα της πόλης. Από το 1975 έως το 1984 εγκαταστάθηκε σε κτίριο της Φιλόπτωχου Αδελφότητας Κυριών Κοζάνης. Το 1979, ιδρύθηκε το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας στο προαναφερθέν κτίριο.

Σ' αυτή την πρώτη έκθεση το ιστορικό τμήμα περιελάμβανε όλη την ιστορική πορεία της Κοζάνης. Παράλληλα συγκροτήθηκε η Λαογραφική συλλογή στην οποία εκθέτονταν τα εξής θέματα: παραδοσιακές ασχολίες πρωτογενούς παραγωγής, εργαστήρια και επαγγέλματα, πνευματικός και κοινωνικός βίος, οικογενειακή ζωή.

Οι παραπάνω συλλογές μεταστεγάστηκαν τέσσερις φορές σε διάφορα μισθωμένα, αλλά ακατάλληλα κτίρια. Τη Διοίκηση του Συνδέσμου απασχολούσε πάντα το πρόβλημα της μόνιμης στέγασης των συλλογών, σε ιδιόκτητο οίκημα. Για τη μόνιμη στέγαση των συλλογών ο Σύνδεσμος ανήγειρε ιδιόκτητο κτίριο σύγχρονο και κατάλληλο σύμφωνα με τις απαιτήσεις της Μουσειολογίας σε δημοτικό οικόπεδο των παλιών λουτρών επί της οδού Ίωνος Δραγούμη, με δωρεές πολιτών και την οικονομική συμπαράσταση των Φορέων της Πολιτείας. Η θεμελίωση του κτιρίου έγινε στις 19 Νοεμβρίου 1980. Τα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν στις 10 Οκτωβρίου 1987. Η μορφή του τετραώροφου κτιρίου εκφράζει εξωτερικά την παραδοσιακή αρχιτεκτονική της Δυτικής Μακεδονίας. Στο εσωτερικό του Μουσείου στεγάζεται η συλλογή Φυσικής Ιστορίας στους υπόγειους χώρους και στους τέσσερις άλλους ορόφους εκτίθενται οι συλλογές του Ιστορικολαογραφικού τμήματος.

Η νέα πτέρυγα του Μουσείου χτίστηκε σε οικόπεδο των Σωκράτη Μπλιούρα και Κων/νου Βρέλλα το έτος 1993 και εγκαινιάστηκε το 1997. Το κτίριο είναι τετραώροφο και εκφράζει κι αυτό την παραδοσιακή αρχιτεκτονική της περιοχής ενώ συνδέεται με σήραγγα με το Ιστορικό- Λαογραφικό Μουσείο. Περιλαμβάνει Πινακοθήκη, σκίτσα και φωτογραφίες με την παραδοσιακή αρχιτεκτονική, συλλογές γραμματοσήμων και ραδιοφώνων και τη βιβλιοθήκη του Μουσείου.