Το Μουσείο στεγάζεται σε ένα κτίριο διατηρητέο σχεδιασμένο από τον Ernst Ziller(Ερνέστο Τσίλλερ). Στην τελευταία περίοδο της Τουρκοκρατίας (1894-1912) στεγάστηκε σ' αυτό το ελληνικό Γενικό Προξενείο Θεσσαλονίκης. Μετά την απελευθέρωση (1912) το κτίριο χρησιμοποιήθηκε ως σχολείο. Ο σεισμός όμως του 1978 επέβαλε τη μετεγκατάσταση του σχολείου. Έτσι, όταν το 1980 αναστηλώθηκε στην παλαιά μορφή του, το κτήριο παραδόθηκε από την πολιτεία στο Σωματείο "Οι Φίλοι του Μουσείου του Μακεδονικού Αγώνα" για να μετατραπεί σε εκθεσιακό χώρο.

Στις 27 Οκτωβρίου 1982 εγκαινιάστηκε ως μουσείο από τον πρόεδρο της Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Καραμανλή. Με τη σημερινή του μορφή το Μουσείο έχει μετατραπεί σε κοινωφελές ίδρυμα Ν.Π.Ι.Δ. υπό την εποπτεία και τον έλεγχο των υπουργείων Οικονομικών, Εθνικής Παιδείας-Θρησκευμάτων και Πολιτισμού (Π.Δ. 14.1.1999, ΦΕΚ Β' 36/26.1.1999) και λειτουργεί με δύο βραχίονες: α) τον εκθεσιακό χώρο που συγκεντρώνει, διασώζει και εκθέτει κειμήλια, προσωπικά αντικείμενα και φωτογραφικά αρχεία σχετικά με τον Μακεδονικό Αγώνα, και β) το Κέντρο Έρευνας Μακεδονικής Ιστορίας και Τεκμηρίωσης, που έχει ως σκοπό την επιστημονική μελέτη, παρουσίαση και διάδοση της νεότερης ιστορίας και ταυτότητας της Μακεδονίας.