Στους ορόφους και ημιωρόφους του Μουσείου εκτίθενται και φυλάσσονται αριστουργήματα περιώνυμων ζωγράφων της μεταβυζαντινής περιόδου και αντιπροσωπευτικά έργα δημοφιλών και μη επτανήσιων ζωγράφων. Τους Κρητικούς ζωγράφους του 16ου αι. αντιπροσωπεύει ο Μιχαήλ Δαμασκηνός, ο κορυφαίος καλλιτέχνης της μετα-βυζαντινής ζωγραφικής. Προεξέχουν, επίσης έργα των ζωγράφων Νικόλαου Δοξαρά, Εμμανουήλ Τζάνε Μπουνιαλή, Νικόλαου Κουτούζη, Νικόλαου Καντούνη (17ου & 18ου αι. μ.Χ.).
Ιδιαίτερα ο Νικόλαος Κουτούζης, ...