Στις προθήκες της αίθουσας Γ σκιαγραφείται η πορεία του νησιού από τη Νεώτερη Νεολιθική περίοδο (4.500 π.Χ.) ως τις αρχές της Υστεροκυκλαδικής Ι περιόδου (αρχές 17ου αι. π.Χ.).
Στα εκθέματα πε ριλαμβάνονται νεολιθική κεραμική, πρωτοκυκλαδικά μαρμάρινα ειδώλια και αγγεία από νεκροταφείο στην περιοχή των Φηρών και από το Ακρωτήρι. Επίσης, πρωτοκυκλαδική κεραμική που περιλαμβάνει και ενδιαφέροντα ευρήματα της μετάβασης από την ΠΚ ΙΙΙ περίοδο (Ομάδα Καστριού) από τις νησίδες των Χριστιανών και από ...

Στον προθάλαμο (Α) του Μουσείου εκτίθενται εικόνες και κείμενα που αναφέρονται στην ιστορία της έρευνας της προϊστορικής Θήρας. Παρουσιάζονται οι ανασκαφές που έγιναν στο νησί στα τέλη του 19ου αιώνα, στη Θηρασιά, με την εξόρυξη της θηραϊκής γης, στη θέση Φαβατάς της περιοχής του Ακρωτηρίου από τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή και στη θέση Ποταμός της περιοχής του Ακρωτηρίου από τη Γερμανική αποστολή.
Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην ιστορία της ανασκαφής του Ακρωτηρίου από το Σπυρίδωνα Μαρινάτο. ...

Η μικρή έκθεση στο χώρο Β εξιστορεί τη γεωλογική πορεία της Θήρας, με την έντονη ηφαιστειακή δραστηριότητα, που φαίνεται να άρχισε περίπου πριν από 1,5 εκατομμύριο χρόνια. Μέσα από τα τοιχώματα της σημερινής καλντέρας και τα εκθέματα του Μουσείου, ο επισκέπτης μπορεί να αναπλάσει την εικόνα του νησιού όταν έφτασαν εδώ οι πρώτοι του κάτοικοι. Απολιθωμένα σπαράγματα φοινικόδενδρων, ελαιόδενδρων, σχοίνων και εντόμων, όπως ο δάκος της ελιάς, δείχνουν ότι στη Μεσόγειο πριν από 50.000-60.000 χρόνια επικρατούσε ...

Η περίοδος ακμής του Ακρωτηρίου (17ος αι. π.Χ.) ζωντανεύει με την ανάπτυξη επί μέρους τομέων της ζωής και της δραστηριότητας των κατοίκων της προϊστορικής πόλης. Το Ακρωτήρι είχε ήδη εξελιχθεί σε αστικό κέντρο και τη στιγμή του ενταφιασμού του από τη λάβα είχε ήδη φθάσει στο απώγειο της ακμής του. Μέσα στα σπίτια και στους δημόσιους χώρους βρέθηκε πληθώρα αντικειμένων, ακριβώς έτσι όπως τα άφησαν οι ιδιοκτήτες τους: είδη οικοσκευής, χάλκινα σκεύη, εργαλεία και όπλα, αντικείμενα που μαρτυρούν την ...