Στον προθάλαμο (Α) του Μουσείου εκτίθενται εικόνες και κείμενα που αναφέρονται στην ιστορία της έρευνας της προϊστορικής Θήρας. Παρουσιάζονται οι ανασκαφές που έγιναν στο νησί στα τέλη του 19ου αιώνα, στη Θηρασιά, με την εξόρυξη της θηραϊκής γης, στη θέση Φαβατάς της περιοχής του Ακρωτηρίου από τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή και στη θέση Ποταμός της περιοχής του Ακρωτηρίου από τη Γερμανική αποστολή.

Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην ιστορία της ανασκαφής του Ακρωτηρίου από το Σπυρίδωνα Μαρινάτο. Εξηγείται η σημασία της ανασκαφής και παρατίθενται χαρακτηριστικές φωτογραφίες από την πορεία των εργασιών κατά τις δεκαετίες 1960-1970.