Η αρχαία Κίσαμος, παράλια πόλη στη βόρεια ακτή της δυτικής Κρήτης, έχει εντοπιστεί στην πεδιάδα που πλαισιώνει τον ομώνυμο κόλπο, ήδη από τον 15ο αι. Οι απαρχές της κατοίκησης ανάγονται στους μινωικούς χρόνους. Ακολουθεί ένα μεγάλο χρονολογικό κενό και η ζωή επανεμφανίζεται στην υστεροκλασική περίοδο με ένα κιβωτιόσχημο τάφο και στρωματογραφημένα αρχαιολογικά κατάλοιπα. Στα ελληνιστικά χρόνια τα έως σήμερα ανασκαφικά στοιχεία μαρτυρούν μια περιορισμένη σε έκταση εγκατάσταση, μικρή πολίχνη με λιμάνι-επίνειο της Αρχαίας Πολυρρήνιας, που οριοθετείται κατά προσέγγιση μέσα και γύρω από το μεσαιωνικό κάστρο. Με τη ρωμαϊκή κατάκτηση της Κρήτης το 67 π.Χ., στην ίδια θέση μια καινούργια πόλη σχεδιάζεται σύμφωνα με το "ιπποδάμειο πολεοδομικό σύστημα" και αρχίζει να ανοικοδομείται. Η πόλη εξαπλώνεται και υπολογίζεται ότι καταλάμβανε περίπου την έκταση της σημερινής κωμόπολης ανάμεσα σε δύο χείμαρρους από τις χαμηλές υπώρειες των λόφων προς το νότο μέχρι τη θάλασσα. Η σημερινή παραλιακή ζώνη κατά την εποχή αυτή ήταν καλυμμένη από τη θάλασσα καθώς η αρχαία ακτογραμμή, ανυψώθηκε μετά τον ισχυρό σεισμό του 365 μ.Χ., κατά τον οποίο η πόλη καταστρέφεται. Η ζωή συνεχίστηκε αλλά η πόλη συρρικνώθηκε. Πάνω στα ρωμαϊκά ερείπια σποραδικά εμφανίζονται παλαιοχριστιανικά κτίρια και οργανώνονται νεκροταφεία. Το βενετσιάνικο κάστρο της πόλης, το οποίο περιτρέχει χαμηλό λόφο και στο οποίο οφείλεται η σημερινή ονομασία Καστέλι, μαρτυρά τη διαχρονική στρατηγική σημασία της θέσης και στους κατοπινούς αιώνες.