Η κωμόπολη της Κισάμου, είναι χτισμένη επάνω στα κατάλοιπα της αρχαίας ομώνυμης πόλης, της οποίας η θέση συμπίπτει σε μεγάλο βαθμό με αυτή της σύγχρονης και ο μεγαλύτερος αριθμός των ανασκαμμένων αρχαιοτήτων βρίσκεται σε κατάχωση. Η θέση του λιμανιού της πόλης εντοπίστηκε ήδη από τους περιηγητές του περασμένου αιώνα στην περιοχή ?Μαύρος Μώλος?. Η οργάνωση της πόλης ακολουθεί τους πολεοδομικούς κανόνες της εποχής. Στα λιγοστά δημόσια οικοδομήματα που έχουν έρθει μέχρι σήμερα στο φως ανήκουν οι ανατολικές θέρμες, οι οποίες έχουν εν μέρει ανασκαφεί και είναι επισκέψιμες. Οι αίθουσες του συγκροτήματος ήταν διακοσμημένες με γλυπτά από τα οποία διασώθηκαν μαρμάρινα αγάλματα νεαρού σατύρου και Πάνα και εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Κισάμου. Η θέση του θεάτρου και αμφιθεάτρου πιθανολογείται, σύμφωνα με μαρτυρίες περιηγητών του 16ου αι, στα νοτιοανατολικά των θερμών. Στα έργα υποδομής της πόλης εντάσσεται και το σύστημα υδροδότησης και αποχέτευσης για την εξασφάλιση και τη διαχείριση του νερού. Σε πολλά σημεία της πόλης διαπιστώνονται κατάλοιπα που ανήκουν σε διαμορφώσεις συλλογής και απορροής υδάτων. Ο κύκλος του νερού ολοκληρώνεται μέσω ενός εκτεταμένου αποχετευτικού συστήματος σε ένα καλά αρθρωμένο οδικό δίκτυο. Τη γεωμετρική χάραξη ακολουθούσε ένα άρτιο σύστημα αποχετευτικών αγωγών, οι οποίοι διευκόλυναν την απορροή τόσο των όμβριων όσο και των οικιακών λυμάτων. Όσον αφορά το οδικό δίκτυο της πόλης ο κεντρικός οδικός άξονας (decumanus maximus) διασχίζει το κέντρο της πόλης κατά μήκος, με κατεύθυνση Α-Δ ενώ στον κάθετο του κεντρικού οδικού άξονα (cardo maximus), φάνηκε μεγάλο τμήμα του υπόγειου κεντρικού αποχετευτικού δικτύου. Η ιδιαίτερη άνθιση και ακμή της πόλης πιστοποιείται από τις αστικές επαύλεις που ήταν διακοσμημένες με εντυπωσιακά ψηφιδωτά δάπεδα. Με την πληρέστερη ανασκαφική εικόνα η έπαυλη, η «Οικία του Φειδία», βρίσκεται στον πυρήνα της αρχαίας πόλης, στη συνοικία της ευπορότερης τάξης (πλησίον του Κέντρου Υγείας Κισάμου). Στην ανατολική είσοδο της κωμόπολης, στην περιοχή του Αγ. Αντωνίου, καθώς και στην περιοχή του Πύργο στα νοτιοδυτικά της πόλης, έχουν διαπιστωθεί κατάλοιπα των εργαστηριακών εγκαταστάσεων.

Η γεωμορφολογία του εδάφους και η γειτνίαση με τη θάλασσα καθόρισαν τη χωροθέτηση του ελληνορωμαϊκού νεκροταφείου στο βόρειο κεντρικό τμήμα της πόλης, όπου έχει ανασκαφτεί μέρος του δυτικού νεκροταφείου και είναι σήμερα επισκέψιμο. Οι τάφοι είναι λαξευτοί στο βραχώδες πέτρωμα, κυρίως θαλαμωτοί με κόγχες και λαξευτά θρανία καθώς και κτιστοί καμαροσκεπείς μικτής τοιχοδομίας. Οι ταφές χρονολογούνται κυρίως από τον 1ο αι. μ.Χ. ως και τον 3ο αι. μ.Χ., με ευρήματα που μαρτυρούν τη χρήση του νεκροταφείου και σε μεταγενέστερους χρόνους. Κατά τις πρόσφατες έρευνες η τυπολογία του Δυτικού νεκροταφείου συμπληρώθηκε από ένα υπόγειο ταφικό μνημείο των πρώιμων ρωμαϊκών χρόνων, του οποίου το αρχιτεκτονικό πρότυπο θα πρέπει να αναζητηθεί στο λεγόμενο τύπο του μακεδονικού τάφου των ελληνιστικών χρόνων. Δεδομένης της μοναδικότητας του ευρήματος επιλέχτηκε η διατήρησή του in situ, με την κατασκευή στεγάστρου προστασίας, πλησίον του Δημαρχείου της κωμόπολης. Το ανατολικό νεκροταφείο της πόλης εκτείνεται στην ανατολική πλευρά της, όπου έχει έρθει φέρει στο φως και ένας υπόγειος τριθάλαμο θολωτός τάφος με σταυροθόλια.