Η Πέλλα, μία μικρή πόλη στις ακτές του Θερμαϊκού κόλπου, έγινε πρωτεύουσα του μακεδονικού κράτους στο τέλος του 5ου αι. π.Χ. και εξελίχθηκε στο σημαντικότερο πολιτικό, οικονομικό και πολιτιστικό κέντρο όλης της Ελλάδας. Η επιλογή της θέσης της νέας πρωτεύουσας έγινε πιθανότατα από το βασιλιά Αρχέλαο κυρίως για πολιτικούς και οικονομικούς λόγους, επειδή διέθετε εύφορα εδάφη στην ενδοχώρα της, ήταν κοντά στα νέα εδάφη που είχαν προσαρτηθεί στο Μακεδονικό βασίλειο και το σημαντικότερο, ήταν παραθαλάσσια, παρέχοντας εύκολη πρόσβαση προς όλες τις κατευθύνσεις, γεγονός που εξυπηρετούσε τόσο την ανάπτυξη του εμπορίου όσο και την επεκτατική πολιτική των Μακεδόνων βασιλέων.

Η πόλη εμφανίζεται πρώτη φορά στις αρχαίες πηγές στον Ηρόδοτο κατά την περιγραφή της εκστρατείας του Ξέρξη στην Ελλάδα (7.123), ενώ αργότερα αναφέρεται και από το Θουκυδίδη (2.99.4 και 2.100.4). Όπως μαρτυρείται από άλλους συγγραφείς, ο Αρχέλαος έδωσε μεγάλη έμφαση στη διοικητική και στρατιωτική οργάνωσή της, ενώ πολλοί επιφανείς ποιητές, όπως ο Ευριπίδης, ο Αγάθων, ο Χοιρίλος, και καλλιτέχνες, όπως ο γνωστός ζωγράφος Ζεύξις, ήλθαν από τη νότια Ελλάδα συμβάλλοντας στην πολιτιστική της ανάπτυξη. Η πόλη οργανώθηκε και επεκτάθηκε στα χρόνια του Φιλίππου Β΄ και του Κασσάνδρου, ενώ εδώ γεννήθηκε και ο γιος του Φιλίππου Β΄, Αλέξανδρος ο Μέγας. Η μορφή της παλαιότερης πόλης των κλασικών χρόνων δεν είναι καλά γνωστή. Είναι βέβαιο, όμως, ότι στο τέλος της κλασικής εποχής η Πέλλα ήταν πλέον μία μεγαλούπολη με κανονική ρυμοτομία, με μεγάλους κεντρικούς δρόμους και κάθετες οδούς. Ο Ξενοφώντας την αναφέρει ως τη μεγαλύτερη πόλη της Μακεδονίας (Ελληνικά 5.2.13).

Η μεγάλη ακμή της Πέλλας ξεκινά στο β’ μισό του 4ου αι. π.Χ. και διαρκεί ως την ήττα των Μακεδόνων από τους Ρωμαίους το 168 π.Χ. και τη διάλυση του Μακεδονικού Βασιλείου. Τα ευρήματα των ανασκαφών φανερώνουν τον πλούτο και την ευημερία της πόλης.

Κομβικό σημείο της οικονομίας και της ευημερίας της πόλης υπήρξε η μεγάλων διαστάσεων αγορά που διέθετε (η μεγαλύτερη τετραγωνική αγορά του αρχαίου ελληνικού κόσμου), με τα εργαστήρια παραγωγής και τα καταστήματα πώλησης προϊόντων κεραμικής, κοροπλαστικής, μεταλλικών αντικειμένων, αλλά και ειδών διατροφής, διοχέτευε τα είδη αυτά στις γύρω περιοχές. Οι ιδιωτικές κατοικίες με δωρικά ή ιωνικά περιστύλια, συχνά με δεύτερο όροφο, ψηφιδωτά δάπεδα και χρωματική διακόσμηση των τοίχων, η οποία αποτελεί σπάνιο δείγμα διατηρημένης ελληνικής ζωγραφικής του Α΄ πομπηιανού στυλ, επιβεβαιώνουν αυτόν τον πλούτο. Ενδιαφέροντα είναι τα ιερά που ήρθαν στο φως μέσα στην πόλη και έξω από αυτήν.

Το 168/167 π.Χ. η Πέλλα καταλήφθηκε από τους Ρωμαίους και κατά τον πρώτο διαχωρισμό της Μακεδονίας εντάχθηκε στην τρίτη μερίδα (regio). Με τη δημιουργία της ρωμαϊκής επαρχίας της Μακεδονίας από το 148 π.Χ. η έδρα του Ρωμαίου διοικητή μεταφέρθηκε στη Θεσσαλονίκη, οπότε η Πέλλα άρχισε σταδιακά να χάνει τη δύναμή της. Η καταστροφή της επήλθε μετά από σεισμό, πιθανόν στην πρώτη δεκαετία του 1ου αι. π.Χ. Μέχρι τότε είναι βέβαιο ότι στην πόλη υπήρχε έντονη παραγωγική και οικοδομική δραστηριότητα. Το 30 π.Χ. οργανώθηκε από τους Ρωμαίους η αποικία της Πέλλας δυτικότερα της αρχαίας πόλης, στο πλάτωμα που εκτείνεται βόρεια από τα λεγόμενα Λουτρά του Μ. Αλεξάνδρου, στη θέση της σύγχρονης Νέας Πέλλας.

Στους αιώνες που πέρασαν, οι προσχώσεις των ποταμών Λουδία, Αλιάκμονα και Αξιού αναδιαμόρφωσαν την περιοχή, έτσι ώστε σήμερα η αρχαία πόλη, μετά και την αποξήρανση της λίμνης των Γιαννιτσών, να απέχει 23 χιλ. από τις ακτές του Θερμαϊκού. Περιηγητές του 18ου και 19ου αιώνα περιέγραψαν τα ερείπια της Πέλλας και τα συνέδεσαν με τις γραπτές πηγές. Οι πρώτες ανασκαφές στην αρχαία πόλη έγιναν το διάστημα 1957-1964. Τότε αποκαλύφθηκαν οι οικίες με τα ψηφιδωτά δάπεδα και τμήμα του ανακτόρου, ενώ κατά τη δεύτερη περίοδο των ανασκαφών (1976 ως σήμερα) αποκαλύφθηκαν η αγορά, τμήμα του ανακτόρου, άλλες κατοικίες, τμήματα της οχύρωσης, ιερά και νεκροταφεία. Την περίοδο 1957-1964 πραγματοποιήθηκαν και οι βασικές αναστηλωτικές εργασίες (τοίχοι και ιωνικό περιστύλιο του σπιτιού με το ψηφιδωτό του Διονύσου), ενώ το 1976 αναστηλώθηκε ένας κίονας του περιστυλίου του σπιτιού με το ψηφιδωτό της αρπαγής της Ελένης. Το 1998 άρχισε η συντήρηση-αποκατάσταση των αρχιτεκτονικών λειψάνων της νότιας στοάς της αγοράς, που θα συνεχισθεί σταδιακά και σε άλλους ανασκαφικούς τομείς. Τα τελευταία χρόνια οι προσπάθειες επικεντρώνονται στη συντήρηση των αρχιτεκτονικών λειψάνων και στη συνολική ανάδειξη της Πέλλας και της ευρύτερης περιοχής της.