Σε μια περιοχή ιδιαίτερα προικισμένη από τη φύση, στα δυτικά του Κρισαίου κόλπου, βρισκόταν το Χάλειον, αρχαία πόλη της δυτικής Λοκρίδας, που ταυτίζεται με το σύγχρονο Γαλαξίδι. Η κατοίκηση στην περιοχή είναι συνεχής και έχουν εντοπισθεί θέσεις με αρχαιολογικά κατάλοιπα από όλες σχεδόν τις περιόδους της αρχαιότητας, ωστόσο η φάση ακμής της πόλης ανάγεται στην αρχαϊκή, κλασική και ελληνιστική περίοδο.

Τα παλαιότερα ίχνη κατοίκησης χρονολογούνται στην πρωτοελλαδική περίοδο και εντοπίζονται στις θέσεις Ανεμοκάμπι, Πελεκάρης, Κεφαλάρι και στο νησάκι Αψηφιά. Στους μυκηναϊκούς χρόνους ο οικισμός αναπτύχθηκε στη θέση Βίλλα, ενώ στη γεωμετρική περίοδο (γύρω στο 700 π.Χ.) ένας οχυρωμένος οικισμός δημιουργήθηκε στο λόφο του Αγίου Αθανασίου. Στην αρχαϊκή και κλασική εποχή (7ος-4ος αι. π.Χ.), παράλληλα με τον οικισμό στη θέση Βίλλα, αναπτύχθηκε στον ’γιο Βλάση το θρησκευτικό και διοικητικό κέντρο της πόλης. Γύρω στο 300 π.Χ. κατοικήθηκε η σημερινή θέση και οικοδομήθηκε, με πρωτοβουλία ίσως της Αιτωλικής Συμπολιτείας, το οχυρωματικό τείχος της. Το Χάλειον συνέχισε να κατοικείται γνωρίζοντας ιδιαίτερη ακμή μέχρι το 2ο αι. μ.Χ.

Για το χρονικό διάστημα μέχρι το 10ο αι. μ.Χ. δεν υπάρχουν αρκετά ιστορικά στοιχεία για το Γαλαξίδι. Το 981 ερημώθηκε από τους Βούλγαρους και στη συνέχεια πέρασε στα χέρια των Γάλλων, του δούκα των Πατρών και των Ιωαννιτών ιπποτών. Ο Ιωάννης Καντακουζηνός το οχύρωσε και πάλι το 1448, αλλά δεν μπόρεσε να αποφύγει την τουρκική κατάκτηση. Ιδιαίτερη ακμή γνώρισε η ναυτική πολιτεία την εποχή των ιστιοφόρων πλοίων (19ος αιώνας), κυρίως στη δεκαετία 1830-1840, όταν τα γαλαξειδιώτικα καράβια ταξίδευαν σε όλο τον κόσμο.