Ο Θέρμος είναι από τους σημαντικότερους αρχαιολογικούς χώρους της Δυτικής Ελλάδος με ιδιαίτερη ιστορική βαρύτητα και πλούσια μνημειακή κληρονομιά, καθώς έχει διαπιστωθεί αδιάλειπτη ανθρώπινη δραστηριότητα από τη Μεσοελλαδική εποχή (2000-1600 π.Χ.) έως τον 2ο αι. π.Χ. Ευρισκόμενος στην καρδιά της Αιτωλίας, ΒΑ. της λίμνης Τριχωνίδας, υπήρξε το θρησκευτικό κέντρο όλων των Αιτωλών, ενώ από τον 4ο αι. π.Χ. αποτέλεσε και την πολιτική έδρα της Αιτωλικής Συμπολιτείας. Ως τόπος συνάντησης των Αιτωλών απέκτησε ήδη από τον 8ο αι. π.Χ. το χαρακτήρα παναιτωλικού Ιερού, στο οποίο λατρευόταν ο θεός Απόλλων.



Στην Πρώιμη Ελληνιστική περίοδο (τέλη 4ου - αρχές 3ου αι. π.Χ.) εκτός από θρησκευτικό, μετατρέπεται και σε πολιτικό κέντρο της Αιτωλικής Συμπολιτείας με την ίδρυση των κτηρίων της πολιτικής Αγοράς. Ο δημοκρατικός - κοινοπολιτειακός χαρακτήρας της δομής της Συμπολιτείας αποτελεί ακόμη και σήμερα πρότυπο για την ομοσπονδιακή οργάνωση των περισσοτέρων σύγχρονων κρατών. Από τα πιο σημαντικά κτήρια του χώρου είναι το αψιδωτό Μέγαρο Α του προϊστορικού οικισμού, το Μέγαρο Β του οικισμού της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου και οι τρεις ναοί, του Απόλλωνος Θερμίου, του Απόλλωνος Λυσείου και της Αρτέμιδος (;) της Αρχαϊκής εποχής. Την Πρώιμη Ελληνιστική εποχή (τέλη 4ου – αρχές 3ου αι. π.Χ.) κατασκευάζονται οι τρεις μεγάλες στοές, οι δύο κρήνες και το «Βουλευτήριο», και πλέον ο χώρος της πολιτικής Αγοράς συνδέεται αρχιτεκτονικά με το χώρο των ναών, αποτελώντας εντυπωσιακό δείγμα μνημειώδους χωροταξικής οργάνωσης. Το Ιερό περιέβαλε τείχος με δεκαέξι πύργους και δύο πύλες.



Όπως μας παραδίδει ο Αχαιός ιστορικός Πολύβιος, στις στοές φυλάσσονταν αναθήματα και πολλά λάφυρα, κυρίως πανοπλίες, ενώ στα βάθρα και τις εξέδρες προ της ανατολικής στοάς είχαν στηθεί χάλκινοι ανδριάντες. Το τείχος κτίστηκε, σύμφωνα με τις επικρατέστερες θεωρίες, ίσως με την ίδρυση της Αιτωλικής Συμπολιτείας, είτε μετά την επιδρομή των Γαλατών το 279 π.Χ. ή και λίγο αργότερα, μετά τις εισβολές του Φιλίππου Ε΄, το 218 και το 206 π.Χ. Μετά τη νίκη κατά των Γαλατών το 279 π.Χ. οι Αιτωλοί έστησαν στο Ιερό ένα τρόπαιο παρόμοιο με εκείνο που είχαν αναθέσει στους Δελφούς και παρίστανε γυναικεία οπλισμένη μορφή, την προσωποποιημένη Αιτωλία, καθισμένη σε σωρό γαλατικών όπλων. Από τους ανδριάντες και τα λάφυρα σώζονται σήμερα ελάχιστα σπαράγματα, καθώς το Ιερό συλήθηκε δύο φορές από το Φίλιππο Ε΄ και το μακεδονικό στρατό. Ο Πολύβιος στο πέμπτο βιβλίο των Ιστοριών του αναφέρεται εκτενώς στη διπλή καταστροφή του Ιερού. Τέλος, το 167 π.Χ., μετά την ήττα του Περσέως από τους Ρωμαίους στη μάχη της Πύδνας και τη σταδιακή ρωμαϊκή κατάκτηση, επέρχεται η διάλυση της Αιτωλικής Συμπολιτείας και ο Θέρμος βαθμιαία εγκαταλείπεται και ερημώνεται. Στα νεώτερα χρόνια ο Θέρμος ονομαζόταν «Παλαιοπάζαρο» ή «Παζαράκι».



Η ανασκαφή της εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας στον Θέρμο αποτελεί μία από τις παλαιότερες στον ελλαδικό χώρο και έχει συνδεθεί με μεγάλες μορφές Ελλήνων αρχαιολόγων. ’ρχισε το 1897 από τον Έφορο Αρχαιοτήτων και καθηγητή της Ιστορίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, Γ. Σωτηριάδη, και συνεχίστηκε από τον καθηγητή Αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Κ. Α. Ρωμαίο, έως το 1932. Κατά τις πρώτες ανασκαφές ήλθαν στο φως τα περισσότερα μνημεία του χώρου και πλήθος ευρημάτων. Ο Ρωμαίος, αναφέρει: «όταν ποτέ ανασκαφώσι πλήρως αί στοαί καί τά άλλα κτίσματα, ο αρχαιολογικός τόπος θα αποβεί κατά την Ελλάδα μοναδικός». Η νεώτερη ανασκαφή άρχισε το 1983 και συνεχίζεται έως σήμερα από τον Ομότιμο καθηγητή Κλασικής Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, Ι.Α. Παπαποστόλου.