Το κατάρρυτο οροπέδιο του Θέρμου βρίσκεται σε υψόμετρο 360μ. ΒΑ. της λίμνης Τριχωνίδας σε θέση φύσει οχυρή, προστατευόμενη από τις βουνοκορφές του Παναιτωλικού όρους και των υψωμάτων της Αγριλιάς. Στο χώρο αυτό δημιουργήθηκε το Ιερό του Απόλλωνος, που απλώνεται στους πρόποδες του λόφου Μεγαλάκκος. Λόγω της στρατηγικής του θέσης χαρακτηρίζεται από τον Αχαιό ιστορικό Πολύβιο «ακρόπολις συμπάσης της Αιτωλίας». Ο φυσικός πλούτος και η κομβική του θέση στο σταυροδρόμι μεταξύ της ορεινής και της πεδινής Αιτωλίας, των εύφορων κοιλάδων και των ποταμών Ευήνου και Αχελώου, προσέφερε ιδανικές συνθήκες για την εγκατάσταση πληθυσμιακών ομάδων, ήδη από τα προϊστορικά χρόνια. Σύντομα εξελίχθηκε σε τόπο συνάντησης και συναλλαγής κοινοτήτων που αναζητούσαν την άσκηση κοινών λατρευτικών πρακτικών, κυρίως σε περιόδους κρίσεων και πολέμων.



Τα πρωιμότερα ίχνη κατοίκησης ανάγονται πριν το 1700 π.Χ. με τη μορφή ορυγμάτων ημιυπόγειων καλυβών. Λίγο αργότερα δημιουργείται μόνιμος οικισμός, ενώ από το 1500 π.Χ. η περιοχή δέχεται τις επιδράσεις του μυκηναϊκού πολιτισμού. Τα σπίτια του προϊστορικού οικισμού είναι τετράγωνα, ορθογώνια, καμπυλόγραμμα και ελλειψοειδή. Το σημαντικότερο κτήριο ήταν το Μέγαρο Α, που λειτουργούσε ως έδρα του τοπικού άρχοντα. Επίσης, η οικία β, που βρίσκεται στα ΝΑ. του ναού του Απόλλωνος Θερμίου, αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα σύνθετου προϊστορικού σπιτιού με ελλειψοειδές περίγραμμα, αποτελούμενο από τρία δωμάτια. Δύο μεγάλες καταστροφές έπληξαν τον οικισμό, η πρώτη το 1450 π.Χ, και η οριστική γύρω στο 1100/1050 π.Χ., εποχή που καταστρέφονται και τα μεγάλα μυκηναϊκά κέντρα.



Μία σημαντική εποχή αρχίζει στον Θέρμο τον 11ο αι. π.Χ με την ίδρυση του νέου οικισμού της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου (11ος - 9ος αι. π.Χ.). Το μεγαλύτερο και σημαντικότερο κτήριο είναι το γνωστό Μέγαρο Β, που κτίστηκε τον 11ο αι. π.Χ. Αποκαλύφθηκε κάτω από το ναό του Απόλλωνος και σήμερα δεν είναι ορατό. Χρησιμοποιήθηκε ως αρχηγική έδρα και χώρος κοινοτικών συναθροίσεων, και ήταν επίμηκες κτήριο, με τριμερή διαίρεση και είσοδο στη νότια πλευρά. Τα πρωιμότερα ίχνη υπαίθριας λατρείας ανάγονται στον 8ο - 7ο αι. π.Χ., όταν επάνω στα ερείπια του Μεγάρου Β ιδρύεται πήλινη εστία - βωμός τέφρας για ολόκαυστες θυσίες, ανοίγονται ορύγματα που έχουν ταυτιστεί από τον ανασκαφέα με βόθρους θυσιών και προσφορών, και στο οπίσθιο μέρος του κτηρίου δημιουργείται μικρός ξυλόπλεκτος οίκος, όπου φυλάσσονταν τα αναθήματα ή τα λατρευτικά σκεύη. Στις αρχές του 7ου αι. π.Χ. τοποθετείται ελλειψοειδής σειρά δεκαοκτώ ακανόνιστων πλακών γύρω από το ερειπωμένο Μέγαρο Β, για να οριοθετήσουν το τέμενος της λατρείας με την εστία των θυσιών. Ο Θέρμος κατά τον 8ο και 7ο αι. π.Χ. φαίνεται ότι λειτουργεί ως ιερό αφιερωμένο στον Απόλλωνα.



Ο ναός του Απόλλωνος Θερμίου κτίστηκε γύρω στο 620 π.Χ. πάνω στα ερείπια του Μεγάρου Β. Είναι δωρικός, περίπτερος με σηκό και οπισθόδομο και κατεύθυνση Β.-Ν. Η εσωτερική κιονοστοιχία ήταν ξύλινη και στήριζε τη δίρριχτη στέγη. Η περίσταση προστέθηκε στα τέλη του 6ου - α΄ μισό του 5ου αι. π.Χ. Τα ορατά σήμερα ερείπια του ναού ανήκουν στην τελευταία φάση των ελληνιστικών χρόνων (τέλη 3ου - αρχές 2ου αι. π.Χ). Λίγα χρόνια μετά την κατασκευή του ναού του Απόλλωνος Θερμίου κτίζονται και δύο μικρότεροι, του Απόλλωνος Λυσείου και της Αρτέμιδος (;). Παρουσιάζουν ενδιαφέρον επίσης, δύο μικρά ιερά που έχουν εντοπιστεί στην ευρύτερη περιοχή του Θέρμου. Στο χωριό Ταξιάρχης έχουν αποκαλυφθεί τα ερείπια δύο ναών που κατασκευάστηκαν στα τέλη του 6ου αι. π.Χ., ενώ στη Χρυσοβίτσα το κύριο χαρακτηριστικό του Ιερού ήταν η άσκηση υπαίθριας λατρείας κοντά σε φυσική πηγή. Η λατρεία στο Ιερό αυτό άρχισε τον 6ο αι.π.Χ. και διήρκησε έως τα ρωμαϊκά χρόνια.



Τέλος, η αγορά του Θέρμου περιλαμβάνει τρεις στοές, το «Βουλευτήριο» και δύο κρήνες. Οι στοές είναι από τις μεγαλύτερες και ανάμεσα στις δύο εξ' αυτών διαμορφώνεται η «πλατεία οδός», όπου σώζεται πληθώρα βάθρων και εξεδρών, επάνω στις οποίες ήταν στημένοι οι χάλκινοι ανδριάντες. Στα ανατολικά της κρήνης έχουν αποκαλυφθεί πολλές λίθινες βάσεις διαφόρων σχημάτων, γεγονός που αποδεικνύει ότι ο χώρος είχε χρησιμοποιηθεί για την ανάρτηση των λίθινων ενεπίγραφων στηλών, στις οποίες αναγράφονταν κυρίως τα ψηφίσματα του Κοινού των Αιτωλών.