Στις βορειοδυτικές υπώρειες της Ίδης, σε υψόμετρο 380 μ. περίπου, και σε απόσταση 30 χιλ. νότια του Ρεθύμνου βρίσκεται η αρχαία πόλη Ελεύθερνα. Σήμερα σώζονται ερείπια από διάφορες ιστορικές περιόδους της ζωής της αρχαίας Ελεύθερνας. Σύμφωνα με την παράδοση είχε πάρει το όνομα της από τον Ελευθερέα, έναν από τους Κουρήτες ή από το επίθετο της Δήμητρος Ελευθούς. Στο λόφο Νησί που αποτελεί έναν από του κύριους πυρήνες της αρχαίας πόλης μαζί με το λόφο Πυργί υπάρχει συνοικία που άκμασε κατά τους ελληνιστικούς χρόνους.

Τον 3ο αι. π.Χ. η Ελεύθερνα πολεμούσε εναντίον των Ροδίων και των συμμάχων τους Κνωσίων. Όταν το 220 π.Χ. οι κρητικές πόλεις πολεμούσαν μεταξύ τους η Ελεύθερνα στάθηκε στο πλευρό της Κνωσού. Με πολιορκία όμως των αντιπάλων αναγκάστηκε να εγκαταλείψει αυτή τη συμμαχία. Το 68 π.Χ. όταν ο Μέτελλος έκανε επίθεση στην Ελεύθερνα, η πόλη κατόρθωσε να αντισταθεί για αρκετό καιρό στην πολιορκία των Ρωμαίων λόγω του οχυρού της θέσης της αλλά τελικά κυριεύτηκε μετά από προδοσία.

Από την πόλη Ελεύθερνα κατάγονταν ο ποιητής Λίνος, ο φιλόσοφος Διογένης, ο λυρικός ποιητής Αμήτωρ και ο γλύπτης Τιμοχάρης.

Ανασκαφική έρευνα διενεργήθηκε στον αρχαιολογικό χώρο το 1929 από την Αγγλική Αρχαιολογική Σχολή, υπό τη διεύθυνση του H. Payne και είχε μικρή χρονική διάρκεια. Συστηματικές ανασκαφές που πραγματοποιούνται από το 1985 από το Πανεπιστήμιο Κρήτης, έφεραν στο φως σπουδαία αρχαιολογικά λείψανα, που δίνουν την εικόνα της αρχαίας πόλης, κυρίως από τους γεωμετρικούς έως τους πρωτοβυζαντινούς χρόνους, χωρίς ωστόσο να λείπουν τα στοιχεία της αδιάκοπης χρήσης του χώρου από τα πρωτομινωικά έως και τα νεώτερα χρόνια.