Η πόλη των ιστορικών χρόνων που απλωνόταν στους λόφους δεν είναι ακόμη καλά γνωστή, αφού μόνον ένα μικρό ποσοστό της συνολικής έκτασης της έχει ανασκαφεί. Το κέντρο των Αιγών με το ανάκτορο και τα ιερά, το ''άστυ'' δηλαδή της πόλης που αναφέρει και ο χρησμός, καταλαμβάνει μια έκταση περίπου 800 στρεμμάτων και αναπτύσσεται σε επτά άνδηρα, στην πλαγιά, στα νότια του νεκροταφείου των τύμβων. Η διαφοροποίηση των αξόνων των οικοδομικών συγκροτημάτων που έχουν αποκαλυφθεί δείχνει ότι στις Αιγές, όπως και στην Αθήνα, αλλά και σε όλες τις παλιές πόλεις, δεν υπήρχε ορθολογικά οργανωμένο πολεοδομικό σύστημα με κανονικά οικοδομικά τετράγωνα και κάθετους οδικούς άξονες.

Στο δυτικό τμήμα της πόλης, σε ψηλό, περίοπτο σημείο ήταν χτισμένο το ανάκτορο που, ορατό από παντού, δέσποζε απόλυτα στην εικόνα της. Δίπλα του, στην πλαγιά που κατηφορίζει μαλακά προς το βορά, βρίσκονταν το θέατρο και τα σημαντικότερα ιερά, μαζί με τα υπόλοιπα δημόσια κτίρια της πόλης. Το άστυ των Αιγών προστατευόταν από τείχος, ωστόσο ένα μεγάλο μέρος του πληθυσμού κατοικούσε έξω από το τειχισμένο κέντρο σε πολλούς μικρούς συνοικισμούς, που ξεκινούν δίπλα από τα τείχη και απλώνονται σε ολόκληρη την περιοχή, διάσπαρτοι στους χαμηλούς λόφους, αλλά και στον κάμπο, σημαδεύοντας με την παρουσία τους την πορεία των αρχαίων δρόμων.

Ακολουθώντας το αρχαιότροπο μοντέλο οργάνωσης του χώρου που εκφράζει μια κοινωνία στηριγμένη στην αριστοκρατική δομή των γενών με σημείο αναφοράς και πόλο συνοχής τη βασιλική εξουσία, οι Αιγές αναδύονται από την αχλύ της προϊστορίας σαν μια πόλη ''κατά κώμας'', ένα 'ανοιχτό' πολεοδομικό μόρφωμα με μικρούς και μεγαλύτερους συνοικισμούς, διάσπαρτους γύρω από έναν κεντρικό πυρήνα, που εξελίσσεται οργανικά, χωρίς αυστηρά προκαθορισμένο σχέδιο και συγκροτείται στο χώρο με άξονα τη βασιλική παρουσία και εξουσία, τη σχέση με το θείο και την ανάγκη επιβολής και άμυνας, με άλλα λόγια, το ανάκτορο, τα ιερά και την οχυρή ακρόπολη.

Στα πλαίσια ενός μεγάλου οικοδομικού προγράμματος που υλοποιείται στα τελευταία χρόνια της βασιλείας του Φιλίππου Β΄ χτίζεται το νέο μεγαλοπρεπές ανάκτορο των Αιγών, το θέατρο που βρίσκεται δίπλα του και διαμορφώνεται το γειτονικό ιερό της Εύκλειας με τα βασιλικά αναθήματα.Τα κτίσματα αυτά, για τα οποία χρησιμοποιήθηκε ο ακριβός πωρόλιθος, ακολουθούν αυστηρά τον ίδιο άξονα, ακόμα και αν αυτό συνεπάγεται σοβαρά κατασκευαστικά προβλήματα, όπως συμβαίνει στην περίπτωση του θεάτρου. Είναι προφανές ότι πίσω από τις κατασκευές αυτές υπάρχει ένας συγκεκριμένος σχεδιασμός που εμπνέεται από μια σαφή ιδεολογική τοποθέτηση: το κέντρο της πολιτικής και της θρησκευτικής εξουσίας που συγκεράζεται στο πρόσωπο του βασιλιά συνδυάζεται με το θέατρο, το κέντρο της τέχνης και του πολιτισμού.

Συνεχίζοντας ό,τι ξεκίνησε ο πρόγονός του Αρχέλαος, ο Φίλιππος Β΄ γίνεται βασιλιάς Μαικήνας, ''πεφωτισμένος δεσπότης'' κατά το πλατωνικό πρότυπο, και εγκαινιάζει στις Αιγές μια παράδοση που θα σφραγίσει την εικόνα των βασιλικών πόλεων της ελληνιστικής εποχής, της Περγάμου, της Αντιόχειας, της Σελεύκειας και θα φτάσει στο αποκορύφωμά της στην Αλεξάνδρεια με την ίδρυση της θρυλικής Βιβλιοθήκης και του Μουσείου, του πρώτου Πανεπιστημίου που γνώρισε ο κόσμος.

Στον κάμπο, στα βόρεια της πόλης, απλώνεται η αχανής νεκρόπολη των Αιγών, ο τόπος όπου θάβονταν οι βασιλιάδες των Μακεδόνων. Με κέντρο το νεκροταφείο των τύμβων της πρώιμης εποχής του σιδήρου (11ος-7ος αι. π.Χ.) η νεκρόπολη επεκτάθηκε προς τα νότια στα αρχαϊκά χρόνια (6ος-5ος αι. π.Χ., προς τα δυτικά στα κλασικά (5ος-4ος αι. π.Χ.) και προς τα ανατολικά στα ελληνιστικά (3ος-1ος αι. π.Χ.).

Επίκεντρο της ανασκαφικής έρευνας η νεκρόπολη έχει δώσει πλούσια ευρήματα που τεκμηριώνουν όχι μόνον τις μεταθανάτιες πίστεις, αλλά αυτόν καθαυτό τον πολιτισμό των Μακεδόνων, του ακριτικού ελληνικού φύλου που μένοντας έξω από τις πολιτικοκοινωνικές εξελίξεις του νότου διατήρησε μέχρι τα ελληνιστικά χρόνια δομές, ήθη και παραδόσεις που ανακαλούν τον κόσμο του ομηρικού έπους.

Ανάμεσα στα ανασκαμμένα τμήματα της νεκρόπολης ξεχωρίζουν οι τρεις βασιλικές ταφικές συστάδες, η συστάδα του Φιλίππου Β΄ στα δυτικά (Μουσείο βασιλικών τάφων των Αιγών), η συστάδα του Δημαρχείου στα νότια και η συστάδα των βασιλισσών με τον τάφο της Ευρυδίκης και τον ιωνικό τάφο, τον λεγόμενο ''τάφο του Ρωμαίου'' από το όνομα του ανασκαφέα δίπλα στην βορειοδυτική πύλη της πόλης. Αξιοσημείωτη είναι επίσης η ταφική συστάδα Heuzey-Μπέλλα στα ανατολικά, όπου αποκαλύφθηκαν τέσσερις μνημειακοί μακεδονικοί και τρεις κιβωτιόσχημοι τάφοι της ελληνιστικής εποχής.