Η έκθεση δομείται σε πέντε ενότητες που παρουσιάζουν διαχρονικά την ανθρώπινη παρουσία ενταγμένη στο φυσικό περιβάλλον της Πέλλας, αναδεικνύει την ιστορική συνέχεια και διακρίνει τις εποχές, χωρίς να τις απομονώνει. Κάθε ενότητα πλαισιώνεται από συνοπτικά κείμενα που κύριο στόχο έχουν να δώσουν ένα στίγμα σε κάθε εποχή, με τρόπο εύληπτο και από τους μη ειδικούς επισκέπτες. Παράλληλα, η αναπαράσταση σε φυσικό μέγεθος οικιακών κατασκευών από το προϊστορικό Αρχοντικό και η τοποθέτηση των κτερισμάτων σε θέση ανάλογη με την ταφή σκοπό έχουν να ενισχύσουν την αισθητηριακή πληροφόρηση του κοινού. Τέλος, με στόχο μια πιο ολοκληρωμένη εικόνα του ευρύτερου πλαισίου, ιστορικού και θεσμικού, έχουν τοποθετηθεί και οθόνες στις οποίες παρουσιάζεται φωτογραφικό υλικό από τα μνημεία της περιοχής, αλλά και τις ανασκαφές και την προετοιμασία της ίδιας της έκθεσης.

Η πρώτη ενότητα «Σε μια στενή λωρίδα γης: η εξέλιξη του τοπίου» είναι αφιερωμένη στη γεωμορφολογική εξέλιξη της περιοχής, η οποία παρουσιάζεται μέσω μιας σειράς χαρτών που βασίζονται στις τελευταίες γεωμορφολογικές έρευνες.

Οι επόμενες ενότητες ακολουθούν τις αρχαιολογικές περιόδους, χωρίς να ταυτίζονται απόλυτα με αυτές. Σε κάθε ενότητα γίνεται προσπάθεια να αναδειχθούν κάποια από τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά που αναδύθηκαν στις κοινότητες της περιοχής σε κάθε περίοδο. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στη διαχρονική κατοίκηση στο Αρχοντικό που λειτούργησε ως το κέντρο της περιοχής για μεγάλο διάστημα.

Η δεύτερη ενότητα «Η προϊστορία της Πελλαίας χώρας: η κυριαρχία του πηλού» αφορά τις προϊστορικές περιόδους, τη νεολιθική και την εποχή του χαλκού, και αναδεικνύει το κυρίαρχο υλικό της εποχής, τον πηλό.

Η τρίτη ενότητα «Πρώιμη εποχή του σιδήρου: η γοητεία των μετάλλων» μεταφέρει το κύριο βάρος στον κόσμο των νεκρών, παρουσιάζοντας ένα μικρό σύνολο τάφων από τα Γιαννιτσά, την Αγροσυκιά και το Αρχοντικό με χαρακτηριστικά για την εποχή του σιδήρου κτερίσματα, από τα οποία ιδιαίτερο ενδιαφέρον έχουν τα χάλκινα κοσμήματα.

Η τέταρτη ενότητα «Οι χρυσοφόροι ευγενείς του Αρχοντικού» αναδεικνύει και πάλι τον κόσμο των νεκρών. Η ενότητα αυτή παρουσιάζει 22 αρχαϊκούς τάφους του δυτικού νεκροταφείου στο Αρχοντικό, με ανεσκαμμένους περισσότερους από 1000 τάφους και διάρκεια χρήσης από τον 7ο έως τις αρχές του 3ου αι. π.Χ. Οι ταφές που επιλέχθηκαν είναι από τις πλουσιότερα κτερισμένες με αντικείμενα που πιστοποιούν την ύπαρξη κοινωνικής ιεραρχίας.

Η πέμπτη και τελευταία ενότητα «Λίγο πριν και στα χρόνια της μεγάλης πρωτεύουσας» παρουσιάζει κλασικούς και ελληνιστικούς τάφους της περιοχής του Αρχοντικού, την εποχή κατά την οποία αρχίζει να αναδεικνύεται η Πέλλα ως αδιαμφισβήτητο κέντρο. Οι σχετικά πλούσια κτερισμένοι τάφοι μαρτυρούν την οικονομική ευρωστία και την αίγλη των οικογενειών της ευρύτερης περιοχής παράλληλα με την αριστοκρατία της Πέλλας.