Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Αβδήρων εκτίθενται αντικείμενα που βρέθηκαν στην πόλη και τα νεκροταφεία των αρχαίων Αβδήρων. Η έκθεση καλύπτει τη χρονική περίοδο από τον 7ο αι. π.Χ. μέχρι τον 13ο αι. μ.Χ. Η παρουσίαση των εκθεμάτων γίνεται σε τρεις κύριες ενότητες: δημόσιος βίος, ιδιωτικός βίος και ταφικά έθιμα, οι οποίες υποδιαιρούνται σε επιμέρους θεματικές ομάδες. Τα εκθέματα πλαισιώνονται από επεξηγηματικά κείμενα, φωτογραφίες, σχέδια, χάρτες και διαγράμματα. Το μουσείο έχει έντονο εκπαιδευτικό χαρακτήρα. Κύριος στόχος είναι να συμβάλλει στην επιμόρφωση των μαθητών Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, και συγχρόνως να ικανοποιεί τον απαιτητικό επισκέπτη.

Η αρχιτεκτονική μελέτη του κτηρίου εκπονήθηκε από τους αρχιτέκτονες μηχανικούς του Υπουργείου Πολιτισμού Γ. Πολυχρονίου και Ν. Φιλιππίδη. Στο εξωτερικό του υπάρχουν αναφορές στα παραδοσιακά κτίσματα της Θράκης.Το κτήριο αποτελείται από το υπόγειο (στο οποίο βρίσκονται τα εργαστήρια, οι αποθήκες αρχαίων και υλικών, οι ηλεκτρολογικές και μηχανολογικές εγκαταστάσεις) το ισόγειο (όπου υπάρχουν τα εργαστήρια συντήρησης, οι χώροι εξυπηρέτησης του κοινού, η αίθουσα πολλαπλών χρήσεων και εκθεσιακός χώρος) και τον όροφο (που περιλαμβάνει γραφεία και εκθεσιακό χώρο).

Στα γραφεία κατά τις ώρες 7:00 - 15:00 εξυπηρετείται το κοινό για διοικητικές υποθέσεις. Το Μουσείο υπάγεται στη ΛΑ' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Ξάνθης. Πρόθεση της Εφορείας είναι να μεταβληθεί σε χώρο πολλαπλών πολιτιστικών δραστηριοτήτων, ώστε να συμβάλλει δυναμικότερα στην πνευματική ανάπτυξη της περιοχής. 'Εχουν οργανωθεί επιστημονικές ξεναγήσεις και εκπαιδευτικά προγράμματα. Στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων διεξήχθηκε στις 20-21 Οκτωβρίου 2001 συμπόσιο με θέμα "Κλαζομενές, Τέως και Άβδηρα: Μητροπόλις και αποικία". Τον Ιούνιο του 2002 φιλοξενήθηκε συνάντηση Ελλήνων και Ισπανών στο πλαίσιο γενικότερης συνεργασίας της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης με την αντίστοιχη Περιφέρεια της Αdra και το Πανεπιστήμιο της Granada.

Στους άμεσα πραγματοποιήσιμους στόχους συγκαταλλέγεται η οργάνωση φωτογραφικών εκθέσεων, περιοδικών εκθέσεων αρχαιολογικού ή εικαστικού περιεχομένου και η εγκατάσταση οπτικοακουστικού συστήματος.