Οι ανασκαφές στα αρχαία ’βδηρα ξεκίνησαν το 1950. Τα ευρήματα αρχικά στεγάζονταν στο Μουσείο Καβάλας. Από το 1973 (όταν ο Ν. Ξάνθης ενσωματώθηκε στη ΙΘ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Κομοτηνής) φυλάσσονταν στο Μουσείο Κομοτηνής.

Το 1976 το Υπουργείο Πολιτισμού άρχισε ενέργειες για ανέγερση Μουσείου στα ’βδηρα. Η απόφαση για την ίδρυσή του υπογράφτηκε το 1984. Το 1985 η Κοινότητα Αβδήρων παραχώρησε για το σκοπό αυτό ένα οικόπεδο μέσα στο χωριό. Οι οικοδομικές εργασίες άρχισαν το 1989 και ολοκληρώθηκαν το 1992. Η επίσημη παραλαβή του έγινε το 1993. Το 1994 άρχισαν οι εργασίες προετοιμασίας της έκθεσης.

Τα χρόνια 1995 - 1998 επιλέχθηκαν και μεταφέρθηκαν τα προς έκθεση αρχαία από τα Μουσεία Καβάλας και Κομοτηνής. Το 1997 εγκρίθηκε από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο (ΚΑΣ) η πρόταση της Εφορείας για το εκθεσιακό πρόγραμμα. Το 1998 - 1999 έγιναν οι εργασίες της επανέκθεσης. Τα εγκαίνια έγιναν στις 20 Ιανουαρίου 2000.