Τον επισκέπτη υποδέχονται στον εκθεσιακό χώρο δυο σημαντικά ευρήματα της Πέλλας και γενικότερα του μακεδονικού χώρου, που σχετίζονται με τον Αλέξανδρο Γ΄, τη μεγάλη ιστορική προσωπικότητα των Ελλήνων, που γεννήθηκε και ανδρώθηκε στην Πέλλα: μια μαρμάρινη κεφαλή που θεωρείται πορτραίτο του Αλεξάνδρου Γ΄ και το ένα μαρμάρινο αγαλμάτιο, που τον απεικονίζει με χαρακτηριστικά στοιχεία του θεού Πάνα.

Η πρώτη θεματική ενότητα του κυρίως εκθεσιακού χώρου αναφέρεται στην καθημερινή ζωή των κατοίκων της Πέλλας. Την είσοδο στην ενότητα υποδεικνύει η αναπαράσταση ξύλινης θύρας. Κύρια εκθέματα της ενότητας αποτελούν τα ψηφιδωτά δάπεδα των οικιών του Διονύσου και της Ελένης, τοποθετημένα στο δάπεδο και η αποκατεστημένη με πολύχρωμα κονιάματα διακόσμηση τοίχου αίθουσας της λεγόμενης οικίας των κονιαμάτων. Στις προθήκες εκτίθενται ανασκαφικά ευρήματα που παρέχουν πλήθος στοιχείων για τη δομή και τη λειτουργία των χώρων των κατοικιών, τον εξοπλισμό τους, την καθημερινή ζωή των ενοίκων τους, την ένδυση, τον καλλωπισμό, τις ασχολίες τους, τις λατρευτικές τελετές στα οικιακά ιερά, την άθληση, την εκπαίδευση, τη διασκέδαση. Αρχιτεκτονικά μέλη και κεραμώσεις, αντικείμενα εξοπλισμού των οικιών, αποκαταστάσεις επίπλων (συμποσιακή κλίνη, δίφρος, κυλικείο) και μακέτες συμβάλλουν στην κατανόηση της λειτουργίας των χώρων και των καθημερινών δραστηριοτήτων.

Η δεύτερη θεματική ενότητα έχει ως αντικείμενο τη δημόσια ζωή στην Πέλλα. Τα εκτεθειμένα ευρήματα, προερχόμενα κυρίως από την Αγορά, σχετίζονται με τους διοικητικούς θεσμούς (πήλινα σφραγίσματα δημόσιων εγγράφων, επιγραφές, νομίσματα, μνημειακή πλαστική), τις παραγωγικές και εμπορικές δραστηριότητες (αγγεία αποθήκευσης και μεταφοράς κρασιού, λαδιού κλπ., πολλά με ενσφράγιστες λαβές, που υποδεικνύουν εμπορικές συναλλαγές, αγγεία καθημερινής χρήσης, συμποσίων και λατρευτικών τελετών, ποικίλων σχημάτων και διακοσμήσεων, μήτρες για την παραγωγή ανάγλυφων αγγείων, πήλινα ειδώλια και μήτρες για την κατασκευή τους, εξοπλισμός εργαστηρίων κεραμικής και μεταλλοτεχνίας κ.ά). Την αρχιτεκτονική μορφή του συγκροτήματος απεικονίζει μακέτα της Αγοράς, ενώ ένα αποκατεστημένο εργαστήριο κεραμικής με τα ευρήματα, όπως βρέθηκαν στην ανασκαφή, παρέχει μια σαφή εικόνα της παραγωγικής διαδικασίας.

Στην τρίτη θεματική ενότητα της έκθεσης εκτίθενται ψηφιδωτά δάπεδα και ευρήματα των ιερών της Πέλλας και παρέχονται πληροφορίες για τους λατρευόμενους θεούς, την οργάνωση και τη λειτουργία των θρησκευτικών κτιρίων (Ιερά Δάρρωνα, Μητέρας των Θεών και Αφροδίτης, θεσμοφόριο). Ποικίλα αναθήματα (πήλινα ειδώλια, μαρμάρινα αγαλμάτια, επιγραφές, αγγεία, προϊόντα μεταλλοτεχνίας) υποδεικνύουν τις ποικίλες δραστηριότητες των οργανωμένων ιερών της Πέλλας.

Η τέταρτη θεματική ενότητα της έκθεσης, των νεκροταφείων, είναι η μόνη αποκλεισμένη από τις υπόλοιπες, λόγω του ιδιαίτερου χαρακτήρα των ταφικών κτερισμάτων. Εδώ εκτίθενται δυο ταφές με τα κτερίσματά τους : ένας ενταφιασμός παιδιού σε πήλινο πίθο της Εποχής του Χαλκού και η αποκατάσταση ενός κιβωτιόσχημου τάφου του τέλους του 5ου αι. π.Χ. Στις προθήκες εκτίθενται κτερίσματα των νεκροταφείων της Πέλλας, των Εποχών Χαλκού και Σιδήρου, των κλασικών χρόνων (5ος, 4ος αι. π.Χ.) και της ελληνιστικής εποχής (3ος, 2ος αι. π.Χ.) παρέχοντας πλήθος στοιχείων για τις κοινωνικές δομές, τα ταφικά έθιμα, τη γλώσσα των κατοίκων, δηλαδή τη δωρική διάλεκτο, τα επιτεύγματα διαφόρων τομέων της τέχνης.

Από την ενότητα των νεκροταφείων ο επισκέπτης του μουσείου διασχίζοντας έναν ανηφορικό διάδρομο καταλήγει στην αίθουσα του ανακτόρου. Αριστερά έχει οπτική επαφή με τις προηγούμενες εκθεσιακές ενότητες και δεξιά, μέσω μικρών ανοιγμάτων του κτιρίου, με τον αρχαιολογικό χώρο. Στην ενότητα του ανακτόρου παρέχονται στοιχεία για την αρχιτεκτονική μορφή και τις λειτουργίες του ανακτορικού συγκροτήματος.

Στον όροφο του Μουσείου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις. Τον Μάρτιο του 2016 άνοιξε η περιοδική έκθεση «Πριν από τη Μεγάλη Πρωτεύουσα» με ευρήματα από την Πελλαία χώρα που χρονολογούνται από τη νεολιθική εποχή ως τη μεταφορά της πρωτεύουσας της Μακεδονίας στην Πέλλα, γύρω στο 400 π.Χ. Ιδιαίτερο βάρος δίνεται στην παρουσίαση του Αρχοντικού, του κέντρου της περιοχής, που ιδρύθηκε στην εποχή του χαλκού και άκμασε ιδιαίτερα κατά την αρχαϊκή περίοδο, κατά την οποία χρονολογούνται και οι τάφοι των χρυσοφόρων ευγενών που παρουσιάζονται στην έκθεση