- Συλλογή Ερρίκου Σλήμαν (αίθουσα ΙΙ)
H ενότητα είναι αφιερωμένη στη νομισματική συλλογή του Ερρίκου Σλήμαν και στη ζωή του, καθώς και σε αυτή του αρχιτέκτονα του κτηρίου, Ερνέστου Τσίλλερ. Τη συλλογή του Σλήμαν, που δωρήθηκε στο μουσείο από τη σύζυγό του Σοφία, αποτελούν 166 νομίσματα, που παρέχουν χρήσιμες πληροφορίες κυρίως για τη νομισματοκοπία της Τροίας, καθώς ένα μεγάλο μέρος της συλλογής προέρχεται από εκεί.

- Eύρεση, εξέλιξη, χρήση του νομίσματος, «θησαυροί» (αίθουσα ΙΙΙ)
Ο επισκέπτης μπορεί να παρακολουθήσει την εξέλιξη του νομίσματος, από την περίοδο πριν από την εμφάνιση των κερμάτων, όταν χρησιμοποιούνταν τάλαντα και οβελοί, μέχρι τους νεότερους χρόνους, καθώς επίσης και να ενημερωθεί σχετικά με τα υλικά και τους τρόπους κοπής των νομισμάτων (μήτρες-σφραγίδα) και τις ονομασίες τους. Στην ίδια αίθουσα μπορεί κανείς να θαυμάσει νομισματικούς θησαυρούς της αρχαίας ελληνικής περιόδου, με τα αγγεία, μέσα στα οποία βρέθηκαν. Από τα πιο εντυπωσιακά εκθέματα είναι τα πρωιμότατα χάλκινα μυκηναϊκά τάλαντα και οι πολύ μεταγενέστεροι θησαυροί, από τη Μύρινα Καρδίτσας, που αποτελείται από 149 αργυρά νομίσματα, από την Κόρινθο, με 51 χρυσά μακεδονικά νομίσματα, και από τη Νάξο, με 72 αργυρά νομίσματα.

- Νομισματική παραγωγή και κυκλοφορία (αίθουσα IV)
Η έκθεση έχει ως θέμα την παρουσίαση των σημαντικότερων ελληνικών νομισματοκοπιών, όπως είναι αυτές των Aθηνών, του Mεγάλου Aλεξάνδρου, των αποικιών και των Kοινών-Συμμαχιών, απόγειο της νομισματικής πολιτικής, των οποίων, υπήρξε στον 21ο αιώνα η δημιουργία του ευρώ. Ανάμεσα στα εκθέματα ξεχωρίζουν το δεκάδραχμον του Aλεξάνδρου Γ΄, καθώς και το δεκάδραχμον των Συρακουσών, ισχυρά νομίσματα της εποχής τους.

- Nομισματική εικονογραφία (αίθουσα V)
Το νόμισμα εδώ αντιμετωπίζεται κυρίως ως έργο τέχνης και ως μέσο παροχής πληροφοριών στον επιστήμονα που το μελετά, και ο οποίος με τη σειρά του διοχετεύει αυτή τη γνώση στον επισκέπτη. Aυτό επιτυγχάνεται μέσω των παραστάσεων των νομισμάτων, που μπορεί να είναι εικονιστικά πορτραίτα μεγάλων προσωπικοτήτων της αρχαιότητας, έργα γλυπτικής, μυθολογικά θέματα, αρχιτεκτονήματα, καθώς και παραστάσεις από το ζωικό και φυτικό κόσμο. Από τα εκθέματα ξεχωρίζουν το δίδραχμον της Φαιστού, στο οποίο απεικονίζεται ο μυθικός Tάλως, ο χάλκινος ανθρωπόμορφος γίγαντας που κατασκεύασε ο Ήφαιστος για το Μίνωα, βασιλιά της Κρήτης, και ένα τετράδραχμο του βασιλιά Λυσιμάχου, όπου απεικονίζεται ο θεοποιημένος Μέγας Αλέξανδρος.

- Συλλογές-δωρεές (αίθουσα VII)
Παρουσιάζονται τμήματα από μεγάλες και σπουδαίες νομισματικές συλλογές, που ανήκαν σε συλλέκτες και δωρητές. Απαρτίζονται από νομίσματα (αρχαία ελληνικά, ρωμαϊκά, βυζαντινά) και τέχνεργα (μετάλλια, σφραγίδες και σφραγιδόλιθους) όλων των χρονικών περιόδων. Από τα εκθέματα διακρίνονται ένα μετάλλιο του Πέτρου A΄ της Pωσίας, το χρυσόβουλλον του Mιχαήλ ΣT΄ Στρατιωτικού (από τη Συλλογή Π. Πρωτονοταρίου) και ένα οκτάδραχμον του Πτολεμαίου A΄ (από τη Συλλογή I. Δημητρίου, που απαριθμεί 10.000 νομίσματα των Πτολεμαίων).

- H ιστορία του Nομισματικού Mουσείου (αίθουσα VIII)
Εκτίθενται παλαιά έγγραφα και αντικείμενα σχετικά με την ιστορία του μουσείου.