Η Νότια Κλιτύς της Ακρόπολης αποτέλεσε από νωρίς πόλο έλξης για τους κατοίκους της Αθήνας λόγω της μορφολογίας του εδάφους της και της φυσικής προστασίας που τους παρείχε, καθώς και της ύπαρξης πηγών με πόσιμο νερό. Από τους αρχαϊκούς χρόνους και για πολλούς αιώνες, η ανέγερση στη νότια πλευρά της Ακρόπολης σημαντικών ιερών και θεατρικών οικοδομημάτων της προσέδωσαν μεγάλη θρησκευτική, πολιτιστική και πνευματική σημασία.

Τα αρχαιότερα ίχνη ανθρώπινης παρουσίας στη Νότια Κλιτύ αποτελούν ευρήματα της νεολιθικής περιόδου (4ης χιλιετίας π.Χ.) στα δυτικά κυρίως του Ασκληπιείου και στο σπήλαιο βόρεια από το Διονυσιακό Θέατρο, ένας προϊστορικός τύμβος των Μεσοελλαδικών πιθανότατα χρόνων (1900-1600 π.Χ.) δυτικά του Ασκληπιείου επίσης, καθώς και φρέατα της Υστεροελλαδικής περιόδου (1600 - 1050 π.Χ.), βόρεια από τη Στοά του Ευμένους.

Η αρχαϊκή κρήνη στο φυσικό άνδηρο όπου αργότερα ιδρύθηκε το Ασκληπιείο και ο αρχαϊκός ναός του Διονύσου στο Ιερό του Διονύσου Ελευθερέως αποτελούν τα πρώτα βεβαιωμένα οικοδομήματα της αρχαϊκής περιόδου στη Νότια Κλιτύ. Σύγχρονη του ναού (β΄ μισό 6ου αι. π.Χ.) ήταν η διαμόρφωση ενός κυκλικού χώρου βόρεια του, για την τέλεση του λατρευτικού χορού προς τιμήν του θεού. Στη θέση αυτή εξελίχθηκε το Θέατρο του Διονύσου, το θέατρο όπου «διδάχθηκαν» τα έργα των μεγάλων δραματουργών της αρχαιότητας.

Τον 5ο αι. π.Χ. ανεγέρθηκε μία στοά με τέσσερα δωμάτια στο δυτικότερο τμήμα του Ασκληπιείου, η οποία θεωρείται το πρωιμότερο κτίσμα του Ιερού, καθώς και το Ωδείο του Περικλέους, ανατολικά του Θεάτρου του Διονύσου. Τον 4ο αι. π.Χ. κατασκευάστηκε στο ανατολικό τμήμα του Ασκληπιείου ο ναός του Ασκληπιού με τον βωμό και η Δωρική στοά στα βόρειά τους.

Γύρω στο 330 π.Χ., επί άρχοντος Λυκούργου, το Ιερό και το Θέατρο του Διονύσου, στο ανατολικό τμήμα της Νότιας Κλιτύος, γνώρισαν την πλήρη διαμόρφωσή τους. Στην περίοδο αυτή πιθανότατα ανάγονται ο Νεότερος Ναός του Διονύσου, με τον βωμό στα ανατολικά του, καθώς και η λεγόμενη Δωρική στοά στο βόρειο τμήμα του Ιερού. Την ίδια εποχή το θέατρο απέκτησε μνημειακές διαστάσεις και μορφή. Κατασκευάστηκε εξ'ολοκλήρου λίθινο και επεκτάθηκε μέχρι τη ρίζα του βράχου της Ακρόπολης, ενσωματώνοντας στο σχέδιό του τον Περίπατο, τον περιμετρικό δρόμο του λόφου. Γύρω στο 320 π.Χ. προστέθηκαν στον χώρο τα χορηγικά μνημεία του Θρασύλλου, βόρεια του θεάτρου, και το χορηγικό μνημείο του Νικία δυτικά του κοίλου του.

Τον 2ο αι. π.Χ., στον χώρο δυτικά του θεάτρου, ανεγέρθηκε η Στοά του Ευμένους, η οποία δωρήθηκε στην πόλη από τον βασιλιά της Περγάμου Ευμένη Β'. Τον 2ο αι. μ.Χ. ο Ηρώδης ο Αττικός ανέγειρε, στο δυτικό άκρο του χώρου, το λαμπρό Ωδείο που φέρει το όνομά του, στη μνήμη της γυναίκας του Ρήγιλλας.

Η επικράτηση του χριστιανισμού επέφερε σημαντικές αλλαγές στη Νότια Κλιτύ. Τον 5ο - 6ο αι. μ.Χ. σχεδόν ολόκληρο τον χώρο του Ασκληπιείου κατέλαβε η τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική των Αγ. Αναργύρων, η οποία ενσωμάτωσε στην κατασκευή της τον ναό του Ασκληπιού, τον βωμό καθώς και το μεγαλύτερο μέρος της δωρικής και της ρωμαϊκής στοάς. Στα μέσα του ίδιου αιώνα, στην ανατολική πάροδο του Διονυσιακού Θεάτρου ιδρύθηκε άλλη μία παλαιοχριστιανική βασιλική. Αρκετούς αιώνες αργότερα, τον 11ο ή 12ο αι. μ.Χ. κατασκευάστηκε λίγο ανατολικότερα της βασιλικής, που είχε πια καταστραφεί, η εκκλησία του Αγ. Γεωργίου του Αλεξανδρινού, η οποία καταστράφηκε κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης.

Τον 13ο αι. ολόκληρος ο βράχος της Ακρόπολης περικλείστηκε από το τείχος του Ριζοκάστρου. Το τμήμα του τείχους από το Ηρώδειο μέχρι το Διονυσιακό Θέατρο, γνωστό ως προμαχώνας του Σερπεντζέ, διατηρήθηκε και κατά την πρώτη περίοδο της Τουρκοκρατίας (1456-1687). Φαίνεται πως στα χρόνια αυτά κατοικήθηκε και πάλι η Νότια Κλιτύς, η οποία είχε παραμείνει έρημη κατά την Φραγκοκρατία. Το 1778 ολόκληρη η περιοχή της νότιας πλευράς προστατεύτηκε από το τείχος του Χασεκή. Τα μνημεία του χώρου είχαν πια καλυφθεί από μεγάλες επιχώσεις και μόνο ο οικισμός που είχε αναπτυχθεί κατά την Τουρκοκρατία στο νοτιοανατολικό άκρο συνέχισε να υπάρχει μέχρι και τους νεώτερους χρόνους. Την δεκαετία του 1960 απαλλοτριώθηκαν και κατεδαφίστηκαν σταδιακά τα ακίνητα του οικισμού που εκτεινόταν μέχρι την οδό Θρασύλλου στα ανατολικά και την οδό Διονυσίου Αρεοπαγίτου στα νότια.

Η ανασκαφική διερεύνηση της Νότιας Κλιτύος αποτέλεσε κυρίως έργο της Αρχαιολογικής Εταιρείας, με κυριότερες περιόδους τα έτη: 1848-1858 (καθαρισμός του Ηρωδείου), τα έτη 1862-1867, σε συνεργασία με το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο (ανασκαφή του μεγαλύτερου μέρους του Θεάτρου και του Ιερού του Διονύσου) και τα έτη 1876-1879 (μεγάλης έκτασης έρευνα σε όλη σχεδόν την Νότια Κλιτύ, αποκάλυψη των ερειπίων του Ασκληπιείου και της Στοάς του Ευμένους). Κατάλοιπα του Ωδείου του Περικλέους αποκαλύφθηκαν το 1914-1931, ενώ, τα επόμενα χρόνια, ανασκαφικές και αναστηλωτικές εργασίες από την Α΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων έφεραν στο φως μικρότερα μνημεία του χώρου ή συνέβαλαν στην καλύτερη κατανόηση των ήδη αποκαλυφθέντων.